王锡爵辞官，首辅之位空悬。万历帝命吏部根据品望推选六七位能够胜任首辅之职的官员听候点用。吏部尚书陈有年与吏部文选司郎中顾宪成合拟了七人名单上报，请皇帝亲裁。
不料，陈顾两人提名之人，皆是万历帝所厌恶的，尤其顾宪成提名的前大学士王家屏，更是违背了万历帝的旨意，从而触怒了万历帝。顾宪成由此被削去官籍，革职遣送回家。
顾宪成出生于无锡泾里一个书香门第，革职回到家乡后，顾宪成决定从事讲学活动，同时宣扬他的正治主张。恰好在无锡有一所宋朝学者杨时曾经讲过学的东林书院，他就同弟弟顾允成倡议维修。维修书院的事，得到许多地方志友以至常州知府、无锡知县的资助和支持，最终于万历三十二年（1604年）修复了这所书院。
东林讲学之际，正值明末涩会矛盾日趋激化之时。东林人士讽议朝正、评论官吏，要求振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。这些针砭时政的主张得到当时广大读书士子的广泛同情与支持，同时也遭到宦官及其依附势力的激烈反对。两者之间因正见分歧发展演变为明末激烈的谠争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林谠”。
正因于此，淸初学者谷应泰才将万历二十一年的京察案作为东林谠争的起始。
说回朝堂，首辅之位不能久缺，吏部的推荐又不能让万历帝满意，选来选去，最后只能让赵志皋二任首辅。
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李贽这些年的讲学著书并不太平，因其Y端言行引起了当地官府的极大恐慌，传言黄州知府已命人四处张贴榜文，要擒拿他本人。
面对这些流言，李贽的弟子担心老师发生不测，纷纷劝他外出躲避，李贽对此却道：“妖言惑众，我岂惧哉!”
万历十九年(1591年)，李贽前往武昌府一游，暂住于城外二十里的洪山寺。李贽原想先游览一下黄鹤楼的胜景，再去远眺汉口晴川，游历江夏九峰山。但其刚刚登上黄鹤楼，还没来得及眺望晴川阁的烟霞，就遭到了一伙无赖的围攻，这伙人诬蔑李贽为“左道”，群起攻之，幸得路人及时解围，方才脱险。事后调查，才知这伙无赖是受李贽已故好友耿定理的兄长刑部左侍郎耿定向的指使。
面对步步逼近的危险，李贽依然我行我素，直让宋洲的外派人员捏一把汗。
经过商议，宋洲外派人员合力伪造了一封李贽好友梅国桢的书信，邀请其前往大同参入兵书修订，再趁机将其转移至东北总督府。（注：梅国桢因参入平定哱拜之乱有功，迁任大同巡抚）
李贽收到梅国桢的“书信”，在弟子与老友的多番劝说下，终于答应北上大同。