故事同样发生在闯王李自成入宫后，皇帝殉国前尽管安排了三位皇子出逃，但不过几天就被李自成俘获。为笼络民心，太子封为宋王，二皇子与三皇子也被封为公爵。
后因陈圆圆之事，吴三桂与“大顺”反目，李自成为招抚吴三桂，带上三位皇子，重兵威逼山海关。哪知吴三桂早已与多尔衮达成协议，放清入关。李自成被联军打的溃不成军，败逃回京。
三位皇子，在乱军中走散，二位不知去向，仅存太子逃回京城，被一尊姓官宦收留藏匿。尊大人级别不高，但世代忠良，同情明朝变故，冒大下之大不韪，紧紧护住太子。为防走漏消息遭来杀身之祸，藏于小姐阁中密室。
尽管家教甚严，男女授受不亲，也是没办法中的办法，况且贵为太子，事关绝密，顾不得太多。自然，太子洗漱饮食，全由小姐照应。
太子过惯了宫廷生活，每天锦衣玉食，整天前呼后拥，现“囚于笼中”，心烦意乱，想起惜日，想起父皇，想起兄弟姐妹，想起明朝的明天，不由伤心落泪，涕哭不止。小姐知书达礼，善解人意，每每柔情相劝，尽力服侍。然日久生情，俩人相爱了。
“囚笼”中的孤欢寡爱，短暂、特殊，也算度过一段美好时光。他们甚至幻想，要是不生在帝王官宦之家，要是世界永无战事，俩人都普普通通，男耕女织，生一大群儿女，该有多幸福……
幻想归幻想，现实很残酷。慈烺是大明太子，父皇殉国，他就是一国之君，肩负复国使命，他得扛起大明旗帜，赶走鞑子兵，重新夺取政权。但就目前局势，心不随愿，要将无将，要兵无兵，还被逼四处躲藏，何以实施大业？
他突然想到了自己的外祖，决计投奔相商，叫他想办法送他去南京建都，运兵重振大明。他把这想法告知心爱人，得到了尊大人强力支持。
临行前，一对苦命鸳鸯哭成泪人，太子知晓心爱人已怀身孕，遂尊封尊小姐为妃，尊尊大人国丈，留下龙刀为信物。如大难不死，建都复国之日，定当派人迎娶。
然事与愿违，没多久就走露了行踪，外祖不但没帮上忙，为免遭灭门，并说服外孙自首，分析道：天下久合必分，久分必合。江山移主，乃新陈代谢。众观史册，哪代长久永存？当今大势所趋，各路明军溃不成军，多年征战，百姓苦不聊生，民心思安，清军势强，大局已定，何不归顺，有大顺封王前辙，多尔衮一定仿效，免不了封王封侯，图个富贵，还可照看皇陵。如坚持复国，一是渺茫，二是有丢命之险。二种走向，以前者为上。还一再重复，目前京城铜墙铁壁，如想逃往南京，简直插翅难飞。四处告示，承诺太子如出首，定当厚待，既然向天下承诺，想必不会食言。但有藏匿，满门抄斩。
外祖的观点，遭到了太子激烈反对，愤怒不已。劝说无果，外祖怀着复杂的心情，只好出告。献上太子，将功赎罪。
多尔衮生性狡黠，玩政治，玩权谋，外祖哪是对手？得到政敌后，怎能忍手，胁迫宫女太监指认朱慈烺为假太子，以冒充太子图富贵为名，斩于闹市。
外祖后悔不已，又惊又怕，于当夜吊死后园凉亭。
尊大人也未免其祸，以私藏奸人之罪被灭门。所幸尊大人有先见之明，太子逃往外祖当夜，就将女儿送往乡下舅父家藏起来，才免遭一难。
尊小姐听说太子遇害，全家灭门，悲痛欲绝，哭晕过去。但她未被残酷的现实击倒，家仇国恨，不能不报，决计复仇的信念让她活下来。数月后，产下一子，取名尊朱国根。这遗腹子，与其父极象，不能姓朱，与母合姓尊朱。从此，尊朱复姓诞生，世界上独一无二。他们都知道，自己是崇祯嫡系子孙，只是不敢轻言罢了。
经过变故，尊夫人成熟起来，坚强起来。家仇国恨一直激鼓着她，只要一握龙刀，想起丈夫，想起临别时太子的复国的誓言，就热血沸腾，不能自我。