这一年五月间，已经降清的孔有德、耿仲明、尚可喜，率领了几万军队，开到桂林城下。瞿式耜上了城墙，与焦琏各守一半，用“西洋炮”先打一阵。然后，他叫焦琏带三百人出城，用长槊、铁鞭对付这三个老贼。结果，也杀了他们几千人，追了他们二十里。
到七月间，凡是被清军占领的广西各城各县，均被焦琏收复。
孔有德等人去攻武冈，找永明王出气。那没有出息的永明王，却又不战而走。一走，到靖州；再走，到柳州；三走，到象州。孔有德转师去攻全州，焦琏已经在全州等候。何腾蛟率领郝永忠、卢鼎等人，也到了全州。结果，孔有德又吃一个败仗。孔有德贼心不死，竟然于次年(顺治五年，1648年)三月再度攻打桂林。于是，何腾蛟与焦琏又和他在桂林比武一次。此时桂林的兵力，已经相当雄厚，猛将也增加了不少，其中最有名的是善耍标枪的胡一青。这一场恶战，把孔有德的兵杀得尸横遍野，血流成河。
瞿式耜这时候仍旧在桂林城内，以文渊阁大学士、兵部尚书的名义坐镇。他把指挥作战的任务交给何腾蛟。事后，永明王听说瞿式耜没有战死，喜欢得流下泪来。一个月以后，李成栋忽然在广州反正，从新做人。
传说李成栎之所以反正，是因为多尔衮不曾给他“总督”的位置，只给了他一个“提督”。其实，这不过是他反正的原因之一。
也有人说，他的太太深明民族大义，常常劝他改弦易辙。这一位李夫人确是功在国家。然而，真正坚定了他反正决心的，却是瞿式耜、焦琏、何腾蛟等人的三次死守桂林，令他感觉到明朝尚有希望。
恰好，另一降清之将金声桓于顺治五年正月，已在南昌反正。李成栋便不再犹疑，在闰三月响应。(金声桓之所以反正，是受了一个在扬州不曾被杀死的“德宗和尚”的鼓励。)
于是，广东和江西两省又变成了大明的江山。不久，四川义兵蜂起，全省入于永明王的范围。何腾蛟借此机会，恢复整个湖南。郑成功在福建打下了诏安。到了年底，姜壤又在大同反正，把山西省的大部分占了。甘肃与宁夏的回民，也在明朝宗室延长王朱识瑏等人的领导之下，纷纷起义。
这是多尔衮在顺治元年偷占北京以来，所从未遭遇到的挫折。他赶紧调动满洲八旗的子弟兵，由谭泰、何洛会两个他所最亲信的满洲人，率领着去江西打金声桓；自己“御驾亲征”，去大同打姜壤。
打到顺治六年(1649年)的正月，谭泰与何洛会攻下南昌，金声桓跳水自尽。一个月后，李成栋在江西南部的信丰战败阵亡。
李成栋的儿子李建捷仍旧守着广州，到了顺治七年(1650年)二月才被尚可喜打败。另一个儿子李元胤守住肇庆，一直守到顺治八年(1651年)的春天。
何腾蛟在湖南，管不住李自成旧部。他们闹饷，抢劫老百姓，弄得每一城的老百姓见了他们来，便空城而走。他们也不耐烦留在任何空城中久住。顺治六年正月，何腾蚊移节湘潭，湘潭没有兵，也没有民。结果，他成了清军的俘虏，于绝食七天以后被杀。
瞿式耜的命运，与何腾蛟的相同。顺治六年十一月，孔有德第三次来攻桂林之时，焦琏不在桂林，去了浔州(桂平)。桂林城内的守将是赵印选、胡一青、杨国栋、蒲缨、马养麟。这些人不能合作，一哄而散。剩下的只有王永祚，这王永祚却开城迎降。瞿式耜宁死不逃，静候清兵来把他带走，于闰十一月十七日从容就义。
多尔衮自己打姜瓖，打了很久打不下来。最后，还是派博洛去，才把姜瓖解决。
《细说清朝》三一、自称皇父
多尔衮在顺治七年(1650年)十二月初九日咯血而死。十六天以后，顺治皇帝的朝廷追尊他为成宗义皇帝。
他在死的时候，自称“皇父摄政王”已有两年。他以“皇父”的身份，而被追尊为皇帝，原无足怪。
这就牵涉到：他有没有在皇太极死后，与皇太极的寡妇、顺治皇帝的母亲孝庄文皇后正式结婚?有关的官方材料，早已被乾隆一代的君臣销毁干净。今天我们所能依据的蛛丝马迹，仅有张煌言的四句宫词：“上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门，春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”张煌言虽是清朝的敌人，但为人正派，非一般捕风捉影、恶意中伤的造谣专家可比。
值得指出的是，皇太后当时并非鸡皮鹤发的老妪，而是三十一岁的少妇，比多尔衮还小一岁。
另一件足以令人奇怪的事是，在多尔衮死后，皇太后被迁出皇宫，到多尔衮的“睿亲王府”去住。
当年，努尔哈赤死时，多尔衮的母亲乌拉纳喇氏，被若干王子与大臣们逼迫自杀，殉葬。