两年以后(康熙三十二年)，康熙正想派兵护送漠北喀尔喀诸部的人回原地，却接到科尔沁部奏章说，噶尔丹约他们共同南侵。康熙于是暂停遣回喀尔喀诸部的人，准备与噶尔丹再交手一次。到了康熙三十五年(1696年)三月，他准备就绪，下旨亲征，自领中路军，由张家口东北的独石口出塞；派萨布素领东路军，统带盛京与吉林的军队，会合科尔沁各旗，由外蒙的东边打进去；又派费扬古率领四路军，以陕甘的绿营为核心部队，从外蒙的西边打进去。
康熙的中路军长驱直入，到达克鲁伦河的河边，噶尔丹这时在河的对面，不敢交锋，就撤乓西。，走了两天，康熙才知道。噶尔丹退到土谢图汗部中旗的昭莫多地方，与费扬古及其所领的绿营兵相遇。绿营的三个总兵，是凉州总兵董大成、肃州总兵潘育龙与宁夏总兵殷化行。殷化行的三千人占了昭莫多的一个山峰，等待噶尔丹的一万多兵来到，便居高临下，用炮轰击。同时，费扬古挥动董、潘二人的兵，扰乱噶尔丹的后队辎重所在。然后，殷化行“鼓行而下”，把噶尔丹杀得大败而逃。噶尔丹的“可敦”(王后)阿弩战死。
噶尔丹颇想回新疆去，在途中听说他的仇人、侄儿策妄阿拉布坦，已经接受康熙的使命，回到伊犁。噶尔丹派自己的儿子塞卜腾与巴尔珠尔去哈密，这两个儿子被哈密的回王捆了，送给驻在肃州的清军。
噶尔丹局促在阿尔泰山东麓，日暮途穷，就在康熙三十六年吃了毒药，自杀。
康熙三十七年二月，康熙三度亲征，驻跸榆林。噶尔丹的部下把他的尸首与他的女儿钟齐海及三百户残余人口，送到费扬古驻扎之地萨奇尔巴尔哈孙。
康熙这才放了心，下诏班师。漠北喀尔喀的几十万人口被送回，各归原地，过太平日子。三十七个旗，被扩充为五十五个旗；又增设一个赛音诺颜部于土谢图汗部及札萨克图汗部之间，册封额驸(驸马)策凌为第一代的贝勒(诺颜)，统辖十九个旗。合起来，外蒙古一共有了七十四个旗(到了乾隆年间，增编为八十三个旗)。
《细说清朝》四二、出兵西藏
噶尔丹少年时候曾经在西藏当过喇嘛，与一个西藏政客桑结成为朋友。其后噶尔丹回准噶尔夺得首领地位，桑结也在西藏成了达赖五世的“第巴”(掌政之官)。
达赖五世在康熙二十一年圆寂，这桑结秘不发丧，假说他已“入定”，不能见客，于是一切报告均须经由桑结“代达”，一切命令均须经由桑结“转颁”。桑结在事实上变成了西藏的最高统治者。
桑结不仅先后唆使噶尔丹并吞漠北喀尔喀与大举南侵，他而且在康熙三十四年冒用达赖五世的名义，请康熙给他自己以封爵。康熙受他蒙蔽，就册封他为土伯特(Tibet)国王。
康熙到了噶尔丹死后，才从准噶尔降人的口中，获得关于桑结如何怂恿噶尔丹的情形，也探听到达赖五世早已圆寂，便派人送一封信责问桑结，带给他噶尔丹的佩刀一柄、噶尔丹的可敦(阿弩)的佛像一尊、佩符一张。康熙命令他：(一)如果达赖五世尚在人间，不妨叫使臣与达赖五世见面；(二)送班禅五世来北京；(三)逮捕那帮助过噶尔丹的济隆呼图克图，押解来京。如果桑结不遵照办理，康熙说，定必派兵征讨。
桑结回信说，达赖五世的确已经圆寂，为了恐怕人民造反，所以不敢宣布，达赖五世的转身(达赖六世)也早已找到，将于牛儿年(康熙三十六年，岁次丁丑)十月二十五日坐床(就位)，到了那时候才好宣布达赖五世圆寂。这一点，桑结说，要请康熙代守秘密。
班禅五世呢，一时不能送他来京，因为他年纪虽大，还没有出过灭花。济隆呼图克图呢，已经逃到喀木去了，稍缓一些就“竭力”把他捉来押解到京，希望“大皇帝”饶他一命。
这“大皇帝”三个字是有来源的。早在皇太极崇德二年，达赖五世与班禅五世便已联合当时在西藏握有军政大权的两个蒙古王子藏巴汗与固始汗，派代表向皇太极恭上一个尊号：“曼殊师利大皇帝”。
“曼殊师利”有人译作“妙吉祥”，其实也是文殊菩萨的梵文原名Manjusri。皇太极之所以把他家乡的名字“建州”改称为所谓“满洲”，与这“曼殊师利”的“曼殊”二字可能与此有关。