当时的“河道总督”是王光裕。这人用头痛医头、脚痛医脚的办法，胡搞了七八年，毫无功效。康熙在十六年二月，将王光裕免职，命靳辅继任河道总督。
靳辅是汉军镶黄旗人，当过安徽巡抚。他对治河本无研究，但有心把事情做好，物色到一位奇才浙江钱塘人陈潢。
靳辅在陈潢的协助下，从康熙十六年起治河，治到康熙二十七年，完成了不少工程。
第一，他在淮阴以东当时黄河的两岸，造了坚固的堤，一直造到距离海岸仅有二十里之处。
第二，他加强了淮阴以西沿着淮河与洪泽湖的若干河堤与坝，使得水集中而有力，足以冲刷河床的沙。于是，那已经因沙淤而失掉出海之路的黄河，反而获得了淮河的助力，居然能够冲掉自身所堆积的沙，浩浩荡荡入海。
第三，他知道运河关系国家的漕运，不应该长此因黄河夺路而中断，于是他除了修建运河之内的各闸以外，毅然决然不惜工费，加开一段新运河，称为“中河”。功成以后，果然舟楫可以来往，漕运畅通。
第四，为了保护淮阴至江都(扬州)沿运河各县的农田，防免那溢进运河的黄河之水，溃决运河之堤，他兴筑若干所谓“减水坝”．在堤下开了若干可以开关的洞口，洞口之外接以小河与沟渠，以便于必要时放水。这样，既可防运河的泛滥或决口，又可以帮助老百姓灌田。
以上四项，均是了不起的成就。然而直隶巡抚汉军镶黄旗人于成龙反对他，说他用钱太多，说“中河”并不能行船，说“减水坝”会促成以后的决口，说他的整个办法根本不对；不该着眼于运河及运河西边的洪泽湖、及东边的宝应湖、高邮湖、邵伯湖等，而应该着眼于所谓“里下河”的出海之口，应该挑海口的沙。
康熙把靳辅召回北京，于康熙二十七年(1688年)三月叫他在宫里的乾清门和于成龙及若干廷臣当面辩论，康熙自己主持这一盛大而严重的辩论会。
靳辅说：海边的沙绝对挑不干净，而且海水长潮之时比海边陆地要高过五尺。宋朝范仲淹留下了一个很长的范公堤(在今日盐城与东台两县，由北而南，与海岸平行)，便是挡住海水，不让它倒灌里下各河的。(泰县泰坝以北的叫做里河，以南的叫做下河。)
靳辅又说，他本就建议过，为了宣泄运河所负担的黄河、淮河与各湖之水，应该开一条新河，把运河的水接引出来，夹以南北长堤，直达范公堤，同时加高当地的范公堤由一丈到一丈五尺，把新河的水量积蓄到一丈高，比海面潮涨之时还高过五尺，然后把闸一开，不怕河水不流到海里去。
靳辅也顾虑到，在新河开了以后，水都跑到海里去，老百姓灌田反而缺水，他主张在新河河堤设若干涵洞，供应老百姓以必需的水。
靳辅的办法尽管很对，但是辩论终于失败。失败的原因，不是他不会讲话，而是于成龙有人附和。谁？漕运总督慕天颜。结果，靳辅被免职，靳辅的智囊陈潢在押解到京之时病故，幸免治罪。康熙任命一个叫做王新命的作河道总督。此人一事无成，三年以后免职。康熙又把靳辅叫了出来，靳辅只好再干，干不到几个月，就积劳而死。康熙于是让于成龙试试。这于成龙倒也乖巧，把自己的妙法一概放弃，完全依照靳辅的办法去做，把事情做得十分妥贴，在康熙三十九年死在任上。康熙又派了一位张鹏翮来继承靳、于二人的事业，在康熙四十七年大功告成。(靳辅所设计的新河也造成了，便是今天江都仙女庙与东台白驹闸之间、经由泰县泰坝的“运盐河”。)
黄河倒也识趣，不再胡闹，到了咸丰六年(1856年)便绕了淮河与运河，改道而走，由山东入海，直到今天。(抗战期间一度改道，于胜利以后回龙。)
《细说清朝》四四、通漕
康熙自己说过，他在亲政之初，便认为削藩、治河、通漕是三件待办的大事。这三件大事均与财政有关。削藩与治河，都是花钱的事，但办好以后，增加岁入极多。通漕，实际上完全有赖于治河。运河被黄河堵塞了，漕米便到不了京城。
“漕”字从水从曹，是用军曹押船行水运粮。漕的创始者是秦始皇。他为了伐匈奴，而不得不“飞刍挽粟”。两汉、唐、宋在京城(长安、洛阳与开封)均驻有重兵，这些兵与中央各衙门的大小官吏每年要吃很多的粮，而且薪俸也用米、麦计算，所以必须由产米、产麦之地漕运大量米、麦到京城来。当时的运道，是由长江经由“邗沟”入淮，由淮经由汴河入黄河，然后溯黄河而上，到达开封、洛阳、长安。