这书的体裁是他新创的。《明夷待访录》是他本人的哲学，包括若干篇论文，以“原君”与“原法”两篇为最精辟。
他是王派巨子刘宗周的学生，但思想超出了伦理部门，兼及于政治。这是由于他史学的造诣特别深。他留下不少关于南明的记载，也整理了整个明朝的史料。他的学生之一万斯同，成为一个大历史家。万斯同以后的全祖望与章学诚，均私淑于黄宗羲。万与全均是鄞县人，章是绍兴人。他们形成了历史学界中所谓浙东学派，而黄是此派的开山祖。
康熙有几次请黄出山，黄均坚辞。康熙只得命令当地的巡抚到黄的家里抄他的书，送进皇宫，以便拜读。黄也很有礼貌，让他的儿子黄百家进史局，帮助徐元文等人纂修明史。
另一位康熙想请去修明史的大学问家，是昆山的顾炎武(亭林先生)。他是明朝的一个秀才，在南京陷清以后，他参加本县县知事杨永言的义师，其后也追随鲁王，作了鲁王的兵部司务。鲁王失败，他遍游全国重要地区，图谋复国，在山东、山西、陕西，均建立下小规模的经济基础，可惜人心已不思明，他便终老于陕西华阴，以著述来开创中华民族的新运。
他留下给我们以《天下郡国利病书》《隐学五书》与《日知录》。《天下郡国利病书》，可说是一部人文地理；《音学五书》是科学的中国音韵学；《日知录》是考据的杰作，
他认为明朝之所以亡，其最大原因为士大夫中了宋儒的毒。朱派、陆派均太注重言心、言性，把政治与经济搁起不谈，不研究。因此，他想纠正风气，大声疾呼，要读书人研究经学，说“古今安得别有所谓理学者，经学即理学也。自有舍经学以言理学者，而邪说以起。”又说，“今之君子…...置‘四海困穷’不言，而讲‘危微精一’，我弗敢知也。”
他提倡切于民生日用的经世之学，但这一种学问在清朝三百年间并未能发达，原因是文字之狱。不过，若干封疆大吏却留下了《皇朝经世文编》，其中充满了可供我们研究的资料。
他的治学方法，发生了极大的影响。第一，他不说空话，每说必有根据，而他所根据的决不是不值得根据的东西。第二，他不抄袭别人的话；即使是他自己所研究出来的，倘若在其后发现前人已经说过，他也即刻删去。第三，他颇能接受别人的意见，从善如流。因此之故，他成了清代“汉学”的开山之祖。
顾炎武在学术史上的地位，比黄宗羲还要高。黄在思想上颇有独到之处，但规模、系统均不如顾。就治学方法而言，黄比顾更逊一筹。
与顾、黄二人同以隐逸自全，终身不事二姓的，还有很多。其中最有名的，除了前述的汤斌、耿介之师孙奇逢以外，有陕西墿厔人李颙(字中孚，号二曲)，山西太原人傅山(字青主)，与湖南衡阳人王夫之(船山先生)。
李颙注重苦行，曾经徒步到河南襄城，寻求父亲的遗骸。他父亲是一个对张献忠作战而阵亡的兵士。他也应邀到过江南，在无锡、江阴、靖江、宜兴等地讲学。康熙在康熙十七年开了所谓“博学鸿词科”，以网罗在野的“遗才”。有人荐举他，他称病不出。人家把他用病床抬到省城。他绝食，宁死也不肯入京。其后，康熙在康熙四十二年西巡，召见他，他派儿子李慎言去应召，将所著的《四书反身录》与《二曲集》带去，送给康熙。
傅山也是一个苦行的人。明亡以前，他曾经冒死援救一位被魏忠贤党羽(巡按张振孙)所陷害的忠臣袁继咸。南京陷清后，他在顺治十一年被捕，罪名是与河南的某一件案子有关。他抗辩不屈，继以绝食，结果被释放。到了康熙十七年，有人荐他应博学鸿词科，而且把他抬进北京城。他在看见“大清门”三个字的时候滚到地上，两泪直流，于是又被抬回家乡。康熙这时候，已经特免他考试，任命他为“中书舍人”。他回家以后，仍以“民”自称；凡是称他为“舍人”的，他一概不理。他写字、画画、作文都很好；也很懂医道。顾炎武和他颇谈得来。
王夫之是明朝的举人，参加过以永历皇帝为中心的抗清活动，其后隐居在衡阳的石船山，闭门著书，一直到死不肯剃发。在学术思想方面，他反对王守仁(阳明)及其若干支派，也不太赞成朱熹，而远宗北宋的张载。他说：“天理即在人欲之中，无人欲则天理亦无从发现。”就这一点而论，他可算是戴震(东原)的先驱。
他著有《张子正蒙注》《老子衍》《庄子解》。他的更重要的著作是《读通鉴论》与《宋论》。从这两部书中，可以想见他读书之勤而认真。他的见解。虽则有时不免主观，但大体上均很值得重视。