清朝政府在唐努乌粱海设有五个总管，归驻扎在乌里雅苏台的乌里雅苏台将军节制。
话归本题，阿睦尔撒纳再度逃入哈萨克境内，兆惠也追了去。哈萨范的汗阿布赉慌忙向乾隆上表称臣，而且请求入觐。阿睦尔撒纳在哈萨克无法容身，就逃到当时属于“帝俄”的西伯利亚。乾隆向帝俄提出通谍，根据《尼布楚条约》要求引渡“逃人”，帝俄起先不理，乾隆准备打，帝俄着了慌，就把阿睦尔撒纳的尸首送来，说阿睦尔撒纳是出了痘症(天花)而死的。
同时，乾隆已经吩咐兆惠，在伊犁与塔城一带，包括城里城外、山陬水涯，展开规模巨大的屠杀。凡是绰罗斯(准噶尔)与辉特两部的人，不分是否忠于清朝，不分有未参加阿睦尔撒纳的叛乱，不分老少，不分男女，一概屠杀。这一杀，真是杀得鸡犬不留、玉石俱焚。比起扬州十日、嘉定三屠，有过之而无不及。能逃去葱岭以西的乞儿吉思地方的(黠戛斯Kirgizia)不到一半，跟着，乾隆也叫兆惠平定新疆南部(在当时称为“回疆”)，为了讨伐大小和卓两个反清的首领．也屠杀不少回人，丁是回人对汉人、满人，也记下深仇大恨。
《细说清朝》五七、大、小和卓
“和卓”的意思，是“圣裔”，亦即回教创始人穆罕默德圣人(简称穆圣)的后代。
这一个名词来自阿拉伯；用英文字母来写，是Khuja。元、明两朝的史料上，常常有“火者”二字，也足这个名词的汉写。清朝的官方文书，在“和卓”之下加了一个“木”字。这“木”字，原为称呼时的语尾。
穆罕默德不曾生下儿子，只生了一个女儿，名字叫法替玛。法替玛嫁给阿里。一切“圣裔”，实际上都是阿里的苗裔。
成吉思汗的儿子察合台，在受封为葱岭东西无数的伊斯兰教人民的君主以后，并不曾立即信奉伊斯兰教。他的子孙，却信了伊斯兰教，并且不再用蒙古人固有的名字，而一律用了伊斯兰教人的名字。
察合台汗国于一度兴盛以后，衰微了下去，始则分裂为东、西，继则小国林立。西半部，于元、明之交，出了一位兼有蒙古与突厥血统的铁木兰，建立了一个大帝国，拥有西察合台、波斯的大部分与伊拉克的全部，而且打进了今日的土耳其，打进了印度。
准噶尔的汗是新疆南部各地的最高统治者。因此，在阿睦尔撒纳被乾隆逐走以后，新疆南部便进人群龙无首的状态。大小和卓两人于是不自量力，想利用机会占有这一大块土地。
他们的父亲，是所谓“老和卓”。老和卓的名字，叫做阿哈玛特。这阿哈玛特，是白派在南疆的首领，死在伊犁。据说，他是被小噶尔丹抓到伊犁去的。
大小和卓兄弟二人，在达瓦齐被阿睦尔撒纳解决之时，获得自由，回去南疆。
大和卓的名字叫做布拉呢敦，小和卓的名字叫做霍集占
大小和卓回到南疆以后，不久便占有库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、叶尔羌、和阗这几个最重要的大城。他们以宗教领袖的身份，分别代替准噶尔的汗，作为南疆的霸主。他们而且委了亲信，作为各城的“伯克”(Beg，城长)。
乾隆既已不容许新疆北部为一个准噶尔的汗所统辖，当然也不肯坐视新疆南部为两个和卓所统辖。
这时候，库车以东的南疆另外三个大城哈密、吐鲁番、焉耆，业已“内属”。
乾隆在二十三年(1758年)二月，任命雅尔哈善为“靖逆将军”．对大小和卓采取军事行动。雅尔哈善在五月间到达库车。库车的“伯克”阿卜都.克勒术，是小和卓的属下，把库车守得很好。雅尔哈善攻了一个月，攻不下库车城。
小和卓亲自带了八千人用“最精”的“乌拉鸟枪”来增援，和雅尔哈善在城外打了一仗，负伤，却能够进城，与守城的兵会台一起，继续死守。
在雅尔哈善的麾下，有一个汉人提督马得胜，建议掘地道穿入城中。掘到相当程度，雅尔哈善自己进出察看，叫随从的人拿蜡烛陪着。守城的兵见到清军手拿蜡烛，猜出是在掘地道，便在城里也掘了横的地道，灌水。清军被淹死很多。
有过了若干天后，城内的粮食吃完，小和卓与伯克带兵在深夜出西门，渡过鄂根河逃走。雅尔哈善懒得在夜间打仗，到天明才派人去追，追不到一个。
事先，有人向雅尔哈善报告过，说：“城里的粮食快完了。小和卓与伯克可能由西门或北门逃走，不妨早日派兵在西、北两方埋伏，到时候截击。”雅尔哈善认为报告的人，是一个新近才来投降的回民，不值得相信，置之不理。