在小和卓与伯克逃走后，库车城的回民出城投降。雅尔哈善进城，把回民的几个首领无缘无故地杀掉。
乾隆听说雅尔哈善如此无能，吩咐兆惠进军库车，将雅尔哈善的一个助手顺德讷就地正法；把雅尔哈善与马得胜押解回京，斩首。
顺德讷是八旗之一的副都统。他被就地正法，可谓罪有应得。雅尔哈善在押到了京师以后被斩首，也不能算冤枉。马得胜却也继雅尔哈善之后受了极刑，只有用“圣天子不测之恩威”八个字来解释。
满洲八旗的官与兵，在努尔哈赤与皇太极之时，的确勇悍善战。入关以后，虽则大部分的征讨由吴三桂、孔有德、尚可喜、耿仲明这些人所带领的“降兵降将”担任，但旗兵、旗将与若干亲王、郡王、贝勒、贝子，一样地“身在行间”，“冲锋陷阵”。
到了康熙对吴三桂及尚之信、耿精忠作战之时，就只有绿营的汉兵、汉将在真正出力。满洲旗人之充任将军与大将军的，无非是坐享其成而已。
其后，康熙打败老噶尔丹，打走策妄阿拉布坦派驻拉萨的策零敦多布，打平罗卜藏丹津，每次用满洲八旗总是吃亏，用绿营就获得胜利。
雍正对小噶尔丹的战争，乾隆对大、小金川的战争，也是如此。
原因是满洲八旗的人在得了天下以后．上层习于富贵，下层习于“有保障的生活”，于是怕吃苦、怕死。
乾隆利用阿睦尔撒纳所领导的厄鲁特人，打走厄鲁特之中的准噶尔部达瓦齐汗，又驱策喀尔喀、科尔沁、察哈尔各旗的蒙古人，打走阿睦尔撒纳，消灭整个准噶尔部。
到了必须对付“回疆”的大小和卓之时，乾隆找不到多少“回人”可资利用。对清朝效顺的吐鲁番回王哈什木与“头目”莽苏尔、“伯克”莽阿里克，皆并无多少回兵可供乾隆调动。
因此，雅尔哈善与兆惠所先后率领的军队，仍以蒙古人与汉人为主。
在雅尔哈善以前，最先赴南疆的是蒙古人阿敏道。他奉了兆惠之命，到喀什噶尔与叶尔羌等地去“慰抚”。兆惠拨给他三千名厄鲁特兵、一百名索伦兵。
索伦人也是女真，住在黑龙江下游的两岸，被称为“新满洲”，而不属于满洲八旗。他们是所谓“野人”一类，朝气尚存。阿敏道途经库车，那时候小和卓也在那里。小和卓骗他，说“我们与厄鲁特人有仇，清你遣走三千厄鲁特兵，我们欢迎你入城。”阿敏道依言照办，遣还厄鲁特兵，只带了一百名索伦兵进城。结果，他与这些索伦兵作了小和卓的俘虏。其后．统统被小和卓杀死。
他们之死，是回疆战争之导火线。我曾到过喀什噶尔香妃的故乡．与当地父老淡起这件事。据父老说：“清朝派来的人不会说‘维吾儿’话，当时库车又没有能够翻译的人，小和卓与他言语不通，因此就发生了误会。”
父老们又告诉我：“大和卓本是忠于清朝的。小和杀了清朝派来的人，知道事情闹大，才鼓动大和卓一齐反清。”
南疆九个大城(哈密、吐鲁番、喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什、喀什噶尔、叶尔羌、和阗)均由察合台的苗裔充任统治者。叶尔羌的一个是九个之中的首领。其他八个听命于他，他听命于住在伊犁的察合台汗国的君主。
(其实，察合台汗国分裂为东、西二国，在伊犁的不过是东察合台汗国的汗而已。)
铁木耳土赫鲁克的儿子，叫做吉匝尔和卓。他分明不是“和卓”(圣裔)，他之所以被称为“和卓”，无非是因为“和卓”一词业已被用作一种“尊号”了。
吉匝尔和卓丢掉伊犁，迁居吐鲁番。
另一支和卓，比玛木特·额敏东来更早。这一支和卓，在1943年仍有后代住在库车。
这库车一支的和卓，比喀什噶尔的一支传代传得较慢．可能原是旁支。
喀什噶尔的和卓阿布都实墨特，被老噶尔丹捉去伊犁以后，在伊犁住了十九年。老噶尔丹战败自杀以后，阿布都实墨特带了儿子玛罕木特向康熙投效，康熙准他们回南疆，却不让他们在喀什噶尔住，叫他们到叶尔羌去住。这时候南疆在政治上真空。阿布都实墨特死后，他的儿子玛罕木特凭了在宗教上的地位．渐渐成为南疆各城所共戴的领袖。
然而，不久他也被继承噶尔丹而为准噶尔汗的策妄阿拉布坦所逮捕，关在伊犁，死在伊犁。他的两个儿子，大和卓布拉呢敦与小和卓霍集占，也囚居在伊犁，直到阿睦尔撒纳引来清军，打走达瓦齐之时(乾隆二十年)。