清军在伊犁释放了大小和卓，传说还交了一些兵给大和卓，叫他去南疆扫荡准噶尔的残余势力。小和卓被留在伊犁，度一种“人质”的生活。
大和卓到了南疆，便纠合白派的教徒，在乌什与黑派的教徒大战一场，获胜，一跃而成为全南疆的军事、政治领袖，
小和卓在次年(乾隆二十一年)逃出伊犁，到了乌什，劝哥哥帮助阿睦尔撒纳反清，把南疆独立起来，作为一个新的伊斯兰教王国。
小和卓杀了阿敏道。其后，库车被雅尔哈善围攻．小和卓来援救，入城助守，城内粮尽，他在深使之中带兵出西门逃往阿克苏，阿克苏的伯克关了城门，不欢迎。再逃到乌仆，乌仆的伯克也是如此。
小和卓逃到喀什噶尔，找大和卓，大和卓决定自守喀什噶尔，叫小和卓去守叶尔羌。
兆惠带领了若干满洲军官、厄鲁特兵士，以及陕甘的绿营，到了库车，又到了阿克苏、乌什。乾隆派了一个叫做舒赫德的，以头等侍卫的官衔，坐镇阿克苏。这舒赫德是满洲正白旗人，当过汉军镶黄旗都统，因事革职，“为兵赎罪”，任奉命毕镇阿克苏、以后，乾隆不久便逐渐升他为参赞大臣、吏部侍郎、工部尚书、满洲镶红旗都统。
兆惠从乌什转军西南，溯叶尔羌河而上，奔驰了一千五百里，直攻小和卓于叶尔羌城。
他攻不下这叶尔羌城，却为了诱敌出城，故意到城南喀喇区苏(黑水)地方去抢掠敌人的牧马场，被敌人包围，困守了十几天。
舒赫德派了一个叫做富德的带兵来救，解了兆惠的围，两人会面以后，不再攻叶尔羌，也不去喀什噶尔打大和卓，却撤军回阿克苏。这是乾隆二十四年(1759年)正月间的事。当时，清军的一个支队，由瑚尔起率领，已在和阗被围，兆惠与富德二人就好像不知道一样．
乾隆接到报告，大为震怒，下旨申斥他们：“你们说人马疲乏，但是阿克苏远、和阗近，为什么不击和阗．要回阿克苏？”
富德只好再从阿克苏去叶尔羌，准备由叶尔羌去和阗，解瑚尔起之尉他尚未到达和阗，瑚尔起已“突围”出来。于是，富德专心对付在叶尔羌的小和卓。
兆惠也只好进军喀什噶尔，对付大和卓。
两位和卓分别抵抗兆惠与富德，支持到同年闰六月，决计逃走，逃到葱岭西边的“巴达克山王国”。
兆惠叫富德越过葱岭去追。富德追他们追到巴勒楚尔，胜了一仗；又追到热海(伊西克库尔，清朝官方文书写作“伊西洱库淖尔”)．又胜了一仗。
巴达克山王国的汗素勒坦沙着了慌，把小和卓霍集占捉住杀了，将首级送清军。大和卓布拉呢敦可能已因作战负伤，不治而死。
传说，香妃被捆了送来，作为清军的战利品。
《细说清朝》五八、香妃
香妃在清朝的官方文书上称为“容妃”。这容妃两字，是乾隆封给她的。她初进宫时，地位是贵人，其后升为嫔，最后升为妃，称为“香妃”。意思是，她的容貌出众。
香妃原来的丈夫，不是小和卓霍集占，而是霍集占的一个堂兄弟布鲁汗和卓。她的娘家，在葱岭以西的塔什干。《清史稿》说她的父亲是和札麦台占，“和札麦”三字是“和卓木”的别写。她的婆家在喀什噶尔，亦即大、小和卓与布鲁汗和卓聚居之处。她的丈夫是一个圣裔．具有阿拉伯的血统。她自己却是乌兹别克人。乌兹别克与维吾尔同种而不同族。
传说，兆惠于打平大、小和卓以后，把她带了回去，献给乾隆。乾隆为她造了一座具有回族民族特色的楼房，其中有浴室，墙壁上嵌有小花砖，并且在一个房间挂有戎装美女的画像。这楼房，在今天的“新华门”所占之地，称为“宝月楼”。
传说，在宝月楼的对面，乾降也建了回教堂；而且，远在皇城城墙以外，乾隆又筑了一条街，调来许多伊斯兰教徒在街上开清真店、住家。
传说，香妃在进宫以后．誓死不从乾隆。无论乾降怎样讨她喜欢，她始终郁郁不乐，而且身藏利刃，叫乾隆不敢亲近。终于，在某一年的夏至节，乾隆去天坛拜天之时，“孝圣宪皇后”(乾隆的母亲)把她绞死。
传说，她死后被埋在北京南下洼的陶然亭之旁。坟前立了块碑，碑面仅有两个字：“香冢”。碑后却有一首词：“浩浩愁，茫茫劫。短歌终，明月缺。郁郁佳城，中有碧血；碧亦有时尽，血亦有时灭。一缕香魂无断绝。是耶？非耶？化为蝴蝶。”
在喀什噶尔城外，有一处叫做“阿巴克·和卓”的地方．当地汉人也称她为“香妃墓”。我去了，看到这墓，颇与印度阿格喇地方的“榻机·马哈尔”，规模相似。墓旁的房子里，摆了一座中国式的绿呢大轿。守墓的人说：“这便是香妃乘坐回来的轿子”。我问这守墓人，“香妃死在哪里？”他说“死在喀什噶尔。”我问：“香妃葬在哪里?”他说：“就葬在这里”。我问“‘阿巴克·和卓’是什么意思?”他说：“是‘历代和卓及其眷属的公墓’”。