这二百人在十五日的夜里，由太监刘金、杨进忠、高广福、阎进喜引人皇宫所在的皇城。
他们头裹白布，手执钢刀，为首的人跳上皇城城墙，从腰间掏出一面大旗东西挥舞，旗上所写的字，是“大明天顺”。也有掏出旗子来的，上面写的是“顺天保民”。
他们冲进皇城的西华门，杀到尚衣监、文颖馆，一直逼近养心门与养心殿。
他们遇到嘉庆的皇次子绵宁(其后当了皇帝，改名旻宁，年号道光，死后谥为成皇帝，庙号宣宗)。绵宁用鸟枪抵抗，打死他们之中的两个。
这时候，清方的警卫部队纷纷赶到，围住皇城，杀进皇宫，结果二百名天理教徒多数阵亡或被捉。祝现幸免于难，作为内应的太监之中的教友也全部牺牲。林清本人于第二天黎明在宋家庄被捕。
嘉庆皇帝听到消息，从热河回到京城，积极应付李文成的军队。他任命那彦成为钦差大臣，作为讨李的主帅，又调杨遇春、杨芳与富增德作为那彦成的助手。
那彦成等人对李作战到十一月，包围李文成于滑县的司寨，李文成自杀。那彦成等人均升了官，晋了爵。皇次子绵宁也受封为“智亲王”。
《细说清朝》六九、内忧外患
嘉庆一朝，闹过三次兵变。
第一次兵变，发生于嘉庆十一年(1806年)七月。那时候白莲教刚被打平不久，有很多乡勇朴了正规军兵额，其中有六千名驻扎在陕南的宁陕，因为当地生活费用贵，每人的饷加发五钱银子，规定以后每三年减一钱，以至于完全取消律贴为止。谁知到了嘉庆十一年，陕西布政使藉口户部的公文未到，把津贴完全不发，“新兵”想领四钱都领不到，不用说五钱了。他们于是杀了副将、劫了银库造反。
清廷派了他们的老长官德楞泰与杨遇春，带九千兵来“剿”他们，仅仅和他们在方柴关打了一个平手。幸亏杨芳勇敢，单骑走入他们的营垒中劝降，才算化大事为无事，牺牲两个发难的新兵(陈先伦与陈达顺)，销案。
糊涂的清廷，却斥责德楞泰等人姑息，把德楞泰免去“钦差大臣”事职，杨遇春由“固原提督”降为宁陕镇总兵，杨芳则不仅免去总兵之职，而且遣戍伊犁。已降的新兵首领蒲大芳等二百多人押至新疆，到了新疆以后一律砍头。
第二次兵变，发生在这一年十二月，地点是四川绥定(达县)，由总督勒保打平。第三次兵变，发生在次年的正月，地点是陕西西乡，由德楞泰打平。这两次，被杀的新兵均极多。
在林清、李文成失败以后，嘉庆十八年年底，陕西岐山县的三才峡，肓所谓“箱贼之乱”。为首的姓万行五，本是一个制造木箱的工匠，清廷派总督长龄，会同提督杨遇春，总兵祝廷彪、吴廷刚等人去打，打到十九年的二月，才算解决。
湖南与贵州的苗胞，自从乾隆皇帝厉行改土归流的高压政策以来，一再武装抵抗，死伤极多，但始终不愿屈服。清廷也因此损了不少兵马，耗了不少金钱。乾隆的宠臣福康安与和珅的弟弟和琳，均往嘉庆初年病死于对苗作战的前方。据说，清廷调动了七个省的军队(绿营与驻防军)几十万人之多，花了几千万两银子，才“稳住”了局面。倘不是有一个小官凤凰厅同知傅鼐实施碉剿战略，又用屯田养兵之策，一共屯垦了十二万亩以上，这“苗乱”可能把清朝拖亡为止。
在云南的维西厅地区，彝胞很多。清朝的官吏欺侮他们，引起了他们的领袖腊者布在嘉庆七年(1802年)二月起事。清延又只得动员正规军，派琅玕率领，去和腊者布作战，战了三个月，才获得胜利。
在云南的另一处临安地区，夷胞也动起武来。时间是嘉庆二十二年(1817年)三月，领袖叫做高罗衣。清廷派云南总督伯龄去打，勉强打赢。到了次年三月，高罗衣的本家侄儿老五再度起兵，也是费了三个月工夫，才被总督伯龄打平下去的。
清朝在嘉庆时开始有外患，然而政府与人民均无感觉。政府与人民所感觉到的，仅是重重叠叠的内忧而已。
当时政府与人民对西洋各国无知。连近在澳门的葡萄牙人，究竟属于何国，都茫然不晓，笼而统之称他们为西洋人。葡萄牙人自己，也乐得夜郎自大，把他们的国家在华文公文上称为“大西洋国”。至于，这大西洋国位于何处，面积多大，距离中国多远，清朝的大小官也懒得打听。
自从明世宗嘉靖三十六年(1557年)，葡萄牙人租借澳门以来，中国明、清两朝的两广总督位置，一向是最肥的“缺”。到两广去当总督或总督以下的官与吏，叫做“发洋财”。洋人以澳门为居留地，到广州来做买卖，除了缴纳关税、船税与五六十种附加税收以外，还得送礼。