清廷很紧张，深知向荣的力量不够，又起用鸦片战争期间倒过大霉的琦善作为另一钦差大臣，率领直隶、陕西与黑龙江的精兵．开到扬州郊外，成立“江北大营”，对付入占南京的太平军。太平军在咸丰三年阴所二月初十日攻入南京，到同治三年(1864年)阴历六月十六日失掉南京，前后共有十一年又四个月零六天的时间：不能算长，也不算太短。
在这不长不短的期间以内，太平军与清廷处于不断的战争之中：先是遣军北伐，北伐失败；其后全力西征，与曾胡夺武汉，胜了若干次，也败了若干次；再其后内部分裂，杨秀清、韦昌辉相继被杀，石达开分兵赣、湘、川、康，洪秀全陷于孤立；最后是李秀成独力支撑，无补颓局。
从金田起义的时候起，太平军就不曾有过一套打天下的具体战略。洪、杨始终是糊里糊涂地干了再说，缺乏一张蓝图，更没有工程进度表。
他们由金田而永安州，由永安州而穿过湖南，进入湖北，取武汉，下南京。从表面看，似乎是一连串的有计划的行动，而事实上是占了一地，又失一地，只有在得了南京以后，才勉强生根。
然而，南京决非可以生根的好地方。洪、杨本该先在广西经营一些时候，扎稳根据地，然后吞并云贵，割据西南，徐图大举。既然是“不此之图”，而远进五千余里，到达南京，便应当贯彻下去，不留在南京，而一口气全军北进，由苏北、皖北而穿过山东、河南，把清廷逐出北京，逼回关外，或是围困清朝皇帝及其亲戚于北京一城之内，加以全部歼灭。
洪、杨等人，尤其是洪秀全，被“胜利冲昏了头脑”。他们一占领南京，便丧失了朝气。李开芳与林凤祥竭力主张继续北伐，结果只领得少数军队去尝试尝试。
他们所领得的，只有五万多人，这时候太平军的总数在六十万以上。
李开芳的官爵是“定胡侯，地官，正丞相”；林凤祥的官爵是“靖胡侯，天官，副丞相”。
李、林二人在咸丰三年四月初一日从扬州出发，杀开一条血路，经过仪征、浦口、临淮关、凤阳、归德(商丘)，到巩县附近渡过黄河，于六月初二日开始围攻怀庆(沁阳)。
为了围攻怀庆，李、林二人浪费掉将近两个月的时间，受挫于前来解围的清将托明阿与胜保。
其后，李、林二人穿出山西的西南部，大败讷尔经额于临洺关，于九月底到达天津附近的静海与独流。林凤祥扎在静海，李开芳扎在独流。
两人攻不下天津，改攻为守，守到十二月底，退到大城县。其后一退再退，在阜城等地与清军又相持了一年，终被清军消灭(林凤祥于咸丰五年正月十九日在东光县东连镇被捕；李开芳于咸丰五年四月十六日在荏平县冯官屯投降。两人均被押解到北京凌迟处死)。
洪、杨在派遣李、林二人率军北伐以后，不继续增派其他部队作为“后劲”；等到李、林因孤军深入被迫后退之时，才[在咸丰四年正月]命令夏官正丞相黄生才带了四支军队(人数不详)，前往援救。
这四支军队只有一支达到与李开芳会师的目的：在山东高唐州与李军相遇，随李军移至荏平县的冯官屯，终于与李军同被清军僧格林沁部消灭。
洪、杨不该把兵力又分用到西征上去。他们在成丰三年四月叫春官正丞相胡以晃与夏官副丞相赖汉英等人，带了一千多船的兵溯江而上。
胡以晃与赖汉英等人，打下安庆、九江、黄州(黄冈)、汉口、汉阳，在咸丰四年六月初二日占领武昌。这些地方，都是太平军在不久以前占领过的，当时却不懂得略留一些部队防守。
两个多月以后，武汉三镇又被崛起于湖南的湘军领袖曾国藩抢了去。
曾国藩乘胜冲到九江，在九江被石达开击败(咸丰四年十二月)。
太平军乘势反攻。汉阳在除夕的一天入于罗大纲之手，武昌于次年(咸丰五年)二月十七日入于秦日纲、韦俊、陈玉成等几个将领之手。
清方的新任湖北巡抚胡林翼，指挥罗泽南、李续宾，与曾国藩的弟弟曾国华所带领的湘军，拼了死命，要从太平军手中夺回武汉。太平军这一边，也有石达开赶来增援，战事十分激烈。
《细说清朝》八三、杨秀清
论作战的能力，太平军比湘军厉害得多。然而天京在咸丰六年八月发生了政变，杨秀清被杀，石达开抽兵东下，不久韦昌辉也死，负责守城的韦俊(韦昌辉的侄儿)无心再守，也在三个月以后撤了出去(咸丰六年十一月)。