从此，太平军不再能打到武汉与其外围。就整个的局势来说，这是太平军走向下坡的开始。
杨秀清之所以被杀，是由于专权太过，不但引起洪秀全的猜忌。而且引起部下普遍的不满。论能力，他显然比洪秀全强；这一点，洪秀全自己是知道的。
金田起义之时，杨秀清是“左辅，正军师”。与他地位相同的有箫朝贵，萧是“右弼，又正军师”。永安州建国之时，杨秀清是东王，地位已高于西、南、北、翼四王，而仅次于天王及天德王。其后，天德王被俘，西王萧朝贵战死，杨秀清便成了无可制衡的权相。到了南京，洪秀全叫部下称杨秀清为九千岁，一切章奏均由他转呈(实际上由他代行批示)，于是洪秀全只剩有天王的虚名，实权全部入于杨秀清之手。
杨秀清甚至又扮演“天父下凡”的活剧，当众叫洪秀全跪地挨骂。对天王他尚敢如此，对别人如何更不难想象了。
结果，他在咸丰六年(1856年)八月初三日死于北王韦昌辉之手。
《细说清朝》八四、石达开
韦昌辉之杀杨秀清，有人说是奉了洪秀全的密旨，也有人说是出于自动。
韦昌辉替太平天国除了“权奸”本是好事，但不该在杀了杨秀清以后，又杀掉与杨秀清有亲戚与部属关系的人两万以上。石达开在武汉前方听到杨秀清被杀，赶紧回到天京来。他企图化大事为小事，挽救太平军阵营的分裂。他回来以后，才知道韦昌辉滥杀了许多人，便责备韦昌辉。韦昌辉因此又想把石达开杀掉，弄得石达开只得出京逃避，韦昌辉一面派人追捕他，一面毫不留情，把他留在天京的家属杀光。
十月间，石达开带了四万精兵来到泾县，准备进攻天京，以清君侧。洪秀全便设法除了韦昌辉，以安慰石达开，召他回京。
此后的七个月，石达开是洪秀全的唯一辅佐。他为人公正廉洁，颇得军民拥戴。外国人有到过南京、亲眼见到他的政绩的，称他为英明的青年独裁者。(这时候，他的年纪只有三十六七岁。)
洪秀全对他十分猜疑、嫉妒，暗中命令洪仁发与洪仁达掣他的肘，又封仁发为安王，仁达为福王，分他的权。这两人是秀全的胞兄，不学无术而且贪污成性、贿赂公行。
最后，石达开感觉到留在天京不仅无法施展抱负，生命也随时可能发生问题，决计率兵出京，另创局面，但仍对秀全忠贞到底。
他在咸丰七年五月十一日出走，通知全城军民，愿留者留，愿随他去者去。结果，有十几万人跟随他走。
有一张他的五言韵文告示，被贴在安徽某地，其后成为珍贵的史料。这告示字字血泪，值得我们传诵：“真天命太平天国圣神电通军主将翼王石：为沥剖血诚，谆谕众军民，自恨无才智，天国愧荷恩。惟矢忠贞志，区区一片心，上可对皇天，下可质古人，去岁遭祸乱，狼狈赶同京，自谓此愚忠，定蒙圣君明。乃事有不然，诏旨降频仍，重重生疑忌，一笔难尽陈。用是自奋励，出师再表真，力酬上帝徒，勉报主恩仁。精忠若金石，历久见真诚，惟期妖灭尽，予志复归林。为此行谆谕，遍告众军民，依然守本分，照旧建功名。或随本主将，亦足标元勋，一统太平日，各邀天恩荣。”
这年(咸丰七年)八月，他离开安庆，经由景德镇到抚州(府治在南昌东南的临川县)。洪秀全因天京吃紧，派人到抚州向他求援；他顾念旧情，立刻转向东进，深入浙江，以缓和清军对天京的压力。
其后，他苦战十浙江、江西、福建三省之间，终于在闽西、赣南建立了一大片领域。
偏偏有曾国藩指挥萧启江等湘军将领，用稳扎稳打的碉堡政策，把他逐步围逼，使得他终于不得不在咸丰九年二月间放弃这领域，西向湖南。
这时候，清方在湖南的军力十分单薄。
到了五月间，石达开不仅攻占了很多州县(包括道州)，而且扩充兵力到三十万人以上，把清方的总兵周宽世围困在宝庆(邵阳)城内。
他围了宝庆两个月，受挫于湘军的两个将领。这两个湘军将领是刘长佑与李续宜。刘、李二人的兵不多，每人仅有一万名左右，但均是久经战阵的乡勇，背后又有湖南巡抚骆秉章与湖北巡抚胡林翼作全力的支援。
石达开生平以闪电战擅长，不长于攻坚，兵太多，反而成了累赘。况且，清方早已实行了“清野”的政策，弄得石军粮食发生问题。
因此，石达开就动了思乡之念，转而向南，回师广西。他围攻桂林攻了两个月，向西占领庆远(宜山)。