美国领事根据领事裁判权，要求清方将他交出。清方说，他在被押解由漳州北上之时中途落水而死。(传说，是清军把他推到河里淹死的。)
常胜军的司令一职，戈登在1863年3月底正式接任。
戈登与华尔、白齐文不同：他不是冒险家，而是正规军官，在英国陆军中已经官至少校。他的年纪也很轻．出生于1833年，这时候才三十一岁。
他旗开得胜，在阳历4月初，便会同清军解了常熟之围。清廷赏他一个总兵头衔。
他又进一步，在阳历5月1日(阴历三月十四日)打下太仓。太仓的太平军守军原有一万之多，以前浩伦德打它不下，最近李鸿章的弟弟李鹤章也试过一次，结果全军(三千人)覆没。
戈登的次一表现，是昆山之役。昆山为苏州、上海之间的重镇，四面是平地与湖沼，城区是突出的二百英尺以上的高地。太平军在昆山有军械库，也有炼铁厂，守军八千人皆是百战精兵，而外围又有谭绍光作为呼应。
程学启由东边攻昆山，反被太平军围住。戈登带了常胜军救他出围，叫程学启于出围以后继续攻城。戈登自己乘武装汽船，于阳历5月31日占领苏、昆之间的某镇，切断太平军的退路。次日，太平军弃昆山而走，八千人死了四五千，被俘两千。他把常胜军的总部由松江移到昆山。军中有人抗命，他枪毙为首的一人，下令全体官兵愿留者留，愿去者去。结果，在三千九百名之中，愿去者是大多数，愿留者仅有一千七百人。
戈登颇有办法。他把新俘的太平军二千人编入常胜军中，常胜军的作战能力反而因此提高。
清方在取得昆山以后，次一目标是苏州。李鸿章决定，自己由北边(常熟)去打，叫程学启由东边(昆山)去打，常胜军绕到南边，先取吴江，再由吴江去打。
戈登于是带了两千二百名兵士、两艘武装汽船，在同治二年六月初十日出发，于十四日占领吴江。
到了八月中旬，他会同法国军官所指挥的“常捷军”(英文书籍中称为“中法混合部队”Franco-ChineseContingent)，占领苏州南门外的八达桥，离开城区仅有五六华里。不久，他进占西郊与北部的几个据点，与李鸿章会师，合围。
围到十月二十四日，城内的太平军将领于纳王郜云官的主谋之下，杀了主帅慕王谭绍光，开城出降。
事前，在郜云官等人与程学启秘密洽降之时，戈登曾经参加，作为保证人，保证清方不杀降兵、降将。
事后，程学启于引了纳王郜云官等人拜见李鸿章以后，将纳王郜云官、比王伍贵文、康王汪安均、宁王周文佳，以及四个将军、两千多兵士，一概斩首。
戈登认为“杀降”是背信的不义之举，十分愤怒。他想杀李鸿章，想进攻程学启，想夺了苏州，交还给太平军。
经人调停，李鸿章亲自哭祭了郜云官等人一次，戈登才勉强离开苏州，退到昆山，仍坚持李鸿章必须引咎辞去江苏巡抚之职。上海租界及英国的舆论均对戈登同情，美，法两国的舆论也是如此。
结果，常胜军不再由李鸿章节制，而改由英国驻华陆军司令布朗节制。常胜军的任务，也改为限于保卫上海、苏州两地。英国公使布鲁斯通知恭亲王，请准许戈登以后不再与李鸿章有文字上的来往。
李鸿章知道事情闹大，不敢再对戈登下命令，却仍旧照常发给薪饷与给养，并且特拨两万两专款照料常胜军的伤兵。
清廷为了酬庸戈登，赏他一万两银子与一品顶戴。戈登虽则始终不收这一万两银子，始终只肯自称为“英军工兵少校”，但也气平了些。
过了几个月，总税务司英国人赫德替李鸿章作说客，才说动了戈登，重新在李鸿章的指挥之下对太平军作战。
这时候，无锡已被太平军放弃。戈登率领常胜军先到无锡，由无锡攻打宜兴，在同治三年正月二十三日打下。八天以后，又打下溧阳，与曾国荃会师。
其后，戈登连打金坛三次均未得手，死了着干兵，本人腿部受伤。
三月间，戈登会同清军围攻浒墅关，逐走守关的太平军两三万，杀了其中的三千人左右。
最后，在四月初六日，他又会同清军，打下太平军的重镇常州。这是一个决定性的胜利，虽则常胜军本身也死了五十，伤了二百七十九。
这时候，英国政府的训令已经来到，升戈登为工兵中校，命令他与其他的英籍军官一齐脱离常胜军。因此，李鸿章也就下令将常胜军解散。戈登后来在英军中，积功升至中将，官居英埃苏丹大总督，在光绪十年对当地人作战中阵亡。