右路由江忠淑指挥，无甚进展，但右路的目标崇阳仍被中路曾军攻下。中路在攻下祟阳以后，一口气进占咸宁，咸宁是武昌的南边邻县。
罗泽南向曾国藩建议，分攻武昌外围的花园与洪山：罗攻花园，塔齐布攻洪山。同时候，新任两湖总督杨霈，亦已率兵威胁汉阳(前任两湖总督吴文镕于黄州失守之时自杀)。
花园与洪山果然被罗、塔二人攻下，太平军于八月二十三日撤出武昌、汉阳二城。(这是太平军的第二次撤出武汉；第一次是在咸丰三年正月初二日，第三次是在咸丰六年十一月二十二日。)
曾国藩飞奏清廷，咸丰赏他二品顶戴，任他为署理湖北巡抚。曾国藩辞谢了一次，咸丰命令他以兵部侍郎的名义，继续督师攻取九江安庆。湖北巡抚的职务，此交陶恩培担任。
《细说清朝》九四、冲过田家镇
为了打九江，曾国藩必须冲破太平军在田家镇所设的封锁线，这封锁线是横隔长江的两道铁索，两岸均有太平军的重兵驻守。
曾国藩又定计分兵三路，以湖北提督桂明指挥北路，进攻蕲州(蕲春)、广济；以塔齐布指挥南路，进攻大冶、兴国(阳新)；他自己统率水师，作为中路。到了九月间，曾国藩下令开始进攻。南路节节胜利，塔齐布在二十一日攻下了大冶，罗泽南在同一天攻下兴国。兴国东乡的半壁山，与北岸田家镇遥遥相对，太平军守御甚坚，仍被罗洋南于十月初四日攻下。北路指挥桂明，是一个畏战的庸人，因此毫无进展，蕲州、广济仍在太平军手中。太平军而且在九月二十九日出动水师溯江而上，利用东风火攻曾国藩的水师，幸亏一面有彭玉麟、杨载福抵住，一面又有鲍超由湋源口抄到太平军水师的后路，将它包住首尾，获得小胜。小胜后，不攻陈玉成、曾凤传所守的蕲州，更不攻秦日纲所守的田家镇，而小心翼翼地占领长江北岸的沿岸、距离田家镇九里“见峰嘴”为止。
然后，杨、彭二人、将水师分成四队：第四队留守；第三队事后追击，扩宽战果；第二队作战；第一队准备好镕铁炉、钢剪，大锤、大斧、专管镕毁铁索，不管作战。十一月十三日出动。同时候，南路的陆军以六千人排成长阵助威。
太平军布置了很多民船在铁索之前，铁索不仅两端(富池口与田家镇)有重兵驻守，而且扣在若干船只之上。这些船只有如浮桥，又有不少的武装木筏作为掩护，铁索之后有几千只炮船，铁索之旁，在北岸由牛肝矶至吴王庙，又有若干座营垒与成千的炮位。
交战后，杨、彭水师的第一队很迅速地烧断了铁索，第二队击散民船，打垮炮船与武装木筏，第三队顺流而下，追击太平军三十余里，然后掉转头利用东风放火，把太平军的船烧毁了四千余号，俘获了五百余号。
田家镇被曾军占领。秦日纲在这一天(十三日)夜里四更撤走。次一天的夜里，陈玉成、曾凤传也从蕲州撤走，曾军获得全胜。
《细说清朝》九五、打不下九江
曾国藩统率全部水师、陆军顺流而下，来打九江。他打不下九江，因为太平军名将林启荣守得很好。他去打九江东边的湖口，一时也打不下。守湖口的，是太平军另一名将赖桂英。(打到次年七月二十五日，才打下来。)
曾国藩把大部分陆军屯扎在九江之南，把水师移在鄱阳湖的尖端(湖口附近)。咸丰四年十二月十二日，水师获得小胜，焚毁了太平军几十条船，乘胜紧追追进鄱阳湖，没料到这是中了石达开的诱敌之计。结果，小船进了湖，大船被太平军的船拦截，转动不灵，被阻挡在湖的外边，仍在长江。十三天以后，大船遭遇大平军袭击，连曾国藩自己的“座船”都丢了。曾国藩大败之余，逃到陆军罗泽南部的营垒，又动了自杀的念头。他骑上马，想单骑冲入敌阵，以一死报咸丰的知遇之恩。
这时候，刘蓉在他的幕中当幕友。刘蓉与罗泽南二人苦劝一番，他这才打消了自杀之意。
《细说清朝》九六、分兵回援武昌
又过了五天，是阴历除夕，太平军秦日纲、陈玉成等人在湖北袭击湖广总督杨霈。杨霈逃到了蕲水，再逃到汉口，三逃到德安，四逃去枣阳。湖北巡抚陶恩培苦守武昌。武昌在咸丰五年二月十七日易手，陶恩培战死。清延着了慌，叫曾国藩回援湖北。其实，石达开早已由安徽赶来江西，占了赣东若干城市，包括广信(上饶)、乐平、弋阳、饶州(波阳)。曾国藩正在竭力抵抗，哪能分兵或全师回援湖北呢？