因此之故，反对他的人便有辞可藉，说他根本不想灭捻。
清廷的实际主持者慈禧太后与恭亲王奕訢，对曾国藩原极信任，但是在张宗禹渡了黄河、深入陕西以后，也不得不切责曾国藩一番，不得不取消他的统帅职权。
曾国藩生性倔强，向清廷一再表示连两江总督的官也不要做，同时却说“断不求回籍以图安逸，仍留军营帮同照料一切，维系湘、淮各军之心，联络苏、鄂两路之气”。
毕竟，曾国藩拗不过清廷，于继续接了几道“着即懔遵”的谕旨以后，只好在同治五年十二月二十一日奏复：“即于(明年)正月初旬(由周家口)回驻徐州，暂接两江总督关防，俾(署理两江总督)李鸿章迅速交卸，驰赴前敌”。
但是，他仍认为捻众“流窜六省，纵横三千余里，剽疾如风，李鸿章一人接办，尚恐照料难周。......李鸿章…...统筹全局，驻扎则以西路为主；臣驻徐州防剿，惟以东路为主。一以为李鸿章后劲之助，一以为微臣补过之资。”
清廷立即批驳他：“曾国藩既经接受两江督篆，所有察吏、筹饷及地方应办事宜均关重要，且金陵亦不可无勋望素著大员坐镇。着即回驻省城，以资镇摄。”
曾国藩挨到正月十九日，在徐州接受李鸿章交来的两江总督关防，二月十六日由徐州启程，三月初六日到达南京(在当时称为江宁)。
在这期间，“剽疾如风”的任柱、赖文光早已由山东、河南进入湖北。担任巡抚的曾国荃不是他们的对手。同治元年正月，淮军刘铭传部与湘军鲍超部，在安陆府京山县的尹隆河镇与任、赖大战一场，先败后胜。败的是，不遵守约定而提前进攻的刘铭传部。胜的是，如期赶来的鲍超部。
事后，李鸿章反而袒护刘铭传，把责任推到鲍超身上，说鲍超“后期”，不按照约定时间赶来夹击。
鲍超于战胜以后，正在扩充战果，追击任、赖于枣阳唐县一带，却接到清廷申饬他的谕旨，一气之下百病俱发，头上伤痕之旁的筋肉整天跳跃不已，左手及两腿先后麻木不仁，舌头僵硬得不能说话，“常常昏迷，动辄一二日不省人事”。曾国藩替他代上奏章，请求开缺。“霆军”步兵二十营，骑兵十二营，只留下步兵十四营交给曾国荃接管，其余的一律遣散，听任回籍归农，或转赴他营应募。
任柱、赖文光于刘铭传惨败、鲍超被谴辞职以后，再加上刘松山已经带了老湘营开去陕西，就更加所向无敌，剽疾如风了。他们由湖北回师河南，由河南再往山东，于同治六年五月在东平县境冲过清军的运河防线，弄得山东巡抚丁宝桢、河南巡抚李鹤年、湖北巡抚曾国荃，都受清廷的处分。李鸿章也被严旨申饬，“戴罪图功”。
李鸿章在同治五年十一月下旬接任钦差大臣，同治六年(1867年)正月初八日被任命为湖广总督(由乃兄李翰章署理)，这时候赶紧由徐州北上，移驻济宁。
此人虽则私心颇重，但“劲气内敛”。他不慌不忙，于任、赖冲过运河以后，施展出一套“亡羊补牢”的手法来。当时很多人笑曾国藩，说曾国藩的“四镇堵剿”的妙计等于白费。李鸿章却重行布置运河防线，并且命令刘铭传、潘鼎新等人加筑二百八十里长的长墙，扼守胶州。曾国藩惟恐捻众渡过运河向东，李鸿章现在竭力不让捻众再渡过运河向西。
李鸿章想把任柱、赖文光限制在运河与胶莱防线之间，渐渐缩紧包围圈，将他们挤逼在山东半岛的尖端。于是任、赖只能局促于莱阳、即墨之间，十分狼狈。
任、赖决定，主力沿着海岸向南，以江苏为目标；分兵交给首王范汝增，沿着海岸向西，以直隶为目标。
主力于十月间顺利进入江苏境内，却被刘铭传在赣榆挡住大战一场，任柱被部下潘贵升杀害，赖文光继续向南进军。
范汝增所分领的捻众，于十一月间走到寿光，也遇到刘铭传将他们挡住。结果，全军覆没。
次月，赖文光率部进抵高邮以南的瓦窑铺，向扬州知府吴毓兰投降，被吴毓兰当作战败的俘虏看待，一律杀光。所谓“东捻”，全部消灭。
张宗禹的“西捻”于攻打西安未成后，渡过渭河打下陕北的米脂、绥德等县；转而向南，在宜川县的龙王庙，渡过黄河，进入山西；由吉州、绛州、曲沃、垣曲，进入河南；再由济源、新乡、滑县，进入直隶，于同治七年正月冲到了保定府境内。
张宗禹显然是企图直扑京城。垂死的清廷慌做一团，偏偏命不该绝，有老湘营刘松山于尾追张宗禹若干时日以后，抢先一步绕道抵达保定，挡住张宗禹的去路。