马如龙献出所占的八县(新兴、昆阳、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民)。清廷发表马如龙为一名总兵；次年，升他为署理云南提督。
有了总督刘岳昭在上统率，岑毓英、马如龙二人对杜文秀的厮斗，就慢慢地占了优势。
岑毓英最初由广西来云南，只带了一千名粤勇。他认为必须编练滇勇，才能解决杜文秀。编练到同治七年，有了六万名左右。他向清廷报告，云南原有的绿营，照规定应有三万七千多人，事实上“所存不及十一”，而且“将不知兵，兵不知战”。他准备尽量抽选滇勇，补足绿营的兵额。剩下的，成立纯滇勇的部队四十营(约两万多人)，分作两班随同绿营作战。
经费方面，他估计单单军米一项每年就需要二十万石以上。绿营的官兵薪饷，每年在六十五万至七十万两之间。滇勇的薪饷，不在此数之内。他建议就全省的田赋，按亩酌加百分之一二十，称为“厘谷”，与雷以诚、曾国藩所创行的“厘金”精神相同，虽则厘金的对象是商货，不是田赋。此外，他希望别省照旧拨给云南“协饷”，能增加到每月六万两更好。浙江、广东、江西三省的协饷，不妨改由距离较近的四川、湖南等省代拨，于这两省应解京城的“京饷”中扣除。这些建议，均被清廷采纳。岑毓英又认为，对杜文秀作战的战略，应该有所确定，先肃清迤东及迤南，然后再全力对付大理府所在的迤西。这战略，总督刘岳昭也很赞成。
在种种方面，岑毓英均很像是一个小规模的曾国藩。杜文秀的能力与品格比洪秀全高，所苦的是局促于多山的迤西，又未能取得全省回民有始有终的合作，更不曾争取得多数汉民的拥护。他没有把反清与仇汉的两个目标划分清楚。倘若完全反清，而断然割舍若干纯以仇汉为目的的徒众，则他的成就可能在洪秀全之上。
他割据一方有十八年之久；于丧失迤东、迤西以后，在同治十一年(1872年)十二月守不住大理，服毒自杀。他的三个儿子均死于清军之手。一个女儿其后流落在上海，遭遇极苦。他的余部，死守迤西的其他城塞，守到同治十二年的年底，全被消灭。
《细说清朝》一○七、东干
陕西、甘肃两省的回教同胞，俗称“东干”，与新疆的所谓“缠回”颇有分别。“缠回”二字，是清朝人惯用的名词，到民国初年还有人用。它含义笼统，兼带轻蔑，反映清朝官吏对边胞情形的无知与自大。
“东干”一词的来源，尚待考定。陕甘两省的回胞，在种族上并非维吾尔人或阿拉伯人，虽则带有些微的维、阿两族的成份。其中的极大多数，本是“随教”的汉人或其子孙。因此，在语言上也没有不同于其他汉人的地方。所不同的，只是在宗教方面以及与宗教有关的饮食、服装而已。
在唐朝的文件与书籍上，维吾尔人被称为“回纥”或“回鹘”，其后衍为“回回”。回纥人初来内地之时，所信的并非回教；他们的老家也并非今日的新疆，而是外蒙古的色楞格河流域。
到了唐朝末年(公元九世纪中叶)，回纥帝国瓦解，一部分回纥人迁徙到新疆吐鲁番，另一部分人迁徙到甘肃的河西走廊。迁徙到吐鲁番一带的称为“高昌回纥”，因为那里有过一个高昌国；迁徙到河西走廊的称为“沙州回纥”，因为那里有过一个“沙州”。
高昌回纥在宋朝的时候，接受由波斯、阿富汗传进来的伊斯兰教，一转面传授给沙州回纥，再转而传授到甘肃、陕西、以及宁夏，与沿着大驿道直至内地各省的不少汉人。
阿拉伯人以传教士与商人的身份而来的也有，虽则不多。(在唐、宋两朝来华的阿拉伯人，多数由海路而来，定居于泉州、广州。)
清朝时候的满族，忘记不了自己是征服者，对汉族始终未能掩藏其优越感，对回族以及信仰回教的东干，更免不了有许多引起反感的态度与措施。更不幸的是，与东干杂居而不愿“随教”的若干汉人，也常常有意无意地作出令东干憎恨的事情来。尤其不幸的是，东干本身一方面有坚强的宗教组织，一方面在这坚强组织的内部发生了所谓“新教”与“旧教”之争。
清廷的一贯政策是维持旧教，摧抑新教。在乾隆年间如此，在咸丰、同治之时也是如此。于是新教徒只有一条路可走：反清。
反清，本不一定要仇汉。事实上，东干在顺治年间曾经于志士丁国栋及米喇印的领导之下，支持过明朝的延长王朱识瑏。在同治元年，太平天国扶王陈得才率兵进入陕南之时，也曾经获得某些东干的援助。
但是，这一年四月，在陕中的渭南县却突发了任五的事变。任五到过云南，参加了杜文秀的反清革命。这时候回到陕西，利用几百名曾经随同河南巡抚严树声在河南作战而被遣散的“回勇”，占领渭南县城，屠杀汉人。然后，渡过渭河，围攻同州(大荔)。