七月间，凤翔的回民也集了起来，围攻府城。
次年二月，甘肃的固原、平凉、宁夏、灵州，均入于新教教主马化龙之手。
较此稍前，西宁一带的回民，于马桂源的鼓动之下，已经把知府与总兵赶走。河州的马彦龙、马占鳌则不但占了州城，而且吞并了狄道(临潭)。甘肃东部的重镇庆阳与平凉，也成了回众进攻的目标。
陕甘总督乐斌，对清廷一味蒙蔽，受到查办，遣戍新疆。经手查办他的军机大臣沈兆霖，被任命为署理陕甘总督，在西宁打了几次小胜仗，于同治元年七月在平番县二道沟被大水淹死。继任的熙麟。畏葸不前。清廷派多隆阿以“钦差大臣督办军务”的资格去，于同治三年四月死在盩厔城下(对蓝朝桂作战之时)。一个月以后，熙麟免职，由杨岳斌(载福)继任。杨是水师名将，自知陆战非其所长，请求开缺，清廷不准，于是回湖南募集新兵十营(五千人左右)，在同治四年六月到任。
这时候，陕、甘两省原有的绿营军队，已无一人可用。各省的所谓援军，一人未来。多隆阿带去两支湘军：“帮办军务”雷正绾的一支，打下平凉与固原以后，于同治四年七月在金积堡被马化龙击败，哗变；甘肃提督陶茂林的一支，解了凤翔之围，打下汧【qian】阳陇州，却也在同治四年五月间一溃于会宁，九月间再溃于安定(定西)。
哗变与溃败的最大原因是欠饷。甘肃早已“库空如洗”，全靠四川与陕西送来些微的协饷。到了次年春天，当杨岳斌去外县视师之时，兰州城的督标(总督所辖的绿营)也闹了起来，包围总督衙门，杀害官长，强迫布政使林望向清廷上奏，控诉杨岳斌(厚待)湘军、歧视绿营。
清廷下旨，将杨岳斌革职留任。杨岳斌藉此称病辞职，清廷发表左宗棠继任，于左氏到任以前，暂由穆图善署理；不久，又加给左宗棠“以钦差大臣，督办军务”的名义。
左宗棠首先与各省当局商妥协饷，然后在六年六月到达潼关，调来刘松山的老湘营、郭宝昌的淮军及其本人的老部下刘典等人的军队，与亲兵三千多人、水师一千人、黑龙江马队一千多人，共有一百个营(五万人左右)。
然而，左宗棠一时无法以全力消灭反清回民；反之，必须以大部分的力量应付张宗禹的“西捻”。
一个年头以后，西捻完全消灭，左宗棠再度来陕，才展开对反清回民的猛烈攻势，同时解决聚众反清的汉人武装，如董福祥。董福祥以花马池(盐池)为根据地，占了陕北十几个州县聚集了十几万人，声势浩大，正在进攻绥德与榆林。
左宗棠派刘松山去，于十一月间在绥德之西的大小理河与董福祥决战，大胜；追到靖边县东北的镇靖堡，董福祥投降。左宗棠把董的精锐改编的福字营，归刘松山指挥。
左宗棠的次一目标，是甘肃东北部的庆阳与庆阳西南的董志原。那里有十八个小首领，都是很厉害的。左宗棠调动雷正绾、黄鼎等人，在同治八年四月轻轻一击，将他们击溃。
左宗棠的第三目标，是灵州(灵武)附近的郭家桥。这是残余的反清陕西回民所聚集的所在。担负这一方面作战任务的是刘松山。刘松山旗开得胜，在同治八年八九月间打下了郭家桥，追击这些陕西回民至吴忠堡。
住在金积堡的马化龙，于一度反清以后，本已接受署理陕甘总督穆图善的招抚，见刘松山大军压境，便始则出面调解，继则再度反清，把吴忠堡的陕西回民引进灵州城固守。于是，刘松山又攻灵州；在攻下灵州以后，转军进攻金积堡。
攻到同治九年正月，金积堡外围的寨子已被刘松山攻下很多，剩下一个叫马五寨的寨子却很难攻。守寨的人，叫做马五。刘松山胸部中了一弹．当天气绝身死。死时，寨子被他的部队攻下。
刘松山在湘军将领之中，是佼佼者。曾国藩于打下南京以后，裁了大部分湘军，只留下他的九千多人未裁。曾国藩认为一般的湘军“暮气已深”，惟有他的这一支纪律严明，仍堪作战。
他于咸丰三年二十岁的时候，在家乡(湖南湘乡)参加王錱的老湘营，追随王錱平定湖南南部；在咸丰七年打下湖北的崇阳通山，自领一营(三百多人)；其后，随王錱在江西作战，打下广昌、乐安。