伊藤要中国在一个月内将台湾交割，李说必须两个月才办得好。伊藤不肯，李说：“贵国何必急急，台湾已是口中之物。”伊说：“尚未下咽，饥甚”。李说：“两万万足以疗饥。”于是，一场战争在李鸿章的苦笑之中结束。伊藤博文准许把交割台湾的期限延长为两个月。
两天以后，双方签约。全文仍是十一条，称为十一款。第一款，关于朝鲜的安全独立自主，是由中国承认，而不是由中、日双方共同承认。日本这时候已经在事实上掌握了朝鲜的政权。(日本的大使大鸟圭介，于前一年的六月二十一日丰岛海战的前两天，领兵进入汉城，包围王宫，掳去国王[李太王]，把国王的生父大院君李昰【shi】应扶为傀儡，捕逐闵后之党。大院君自从被吴长庆抓来中国、拘留在保定以后，态度已由亲华变为反华，于是在放回朝鲜以后甘心受日本利用。闵后之党本是亲日派，终于大吃日本之亏，可谓咎由自取。)
第二款，是关于割让台湾、澎湖与辽东半岛。台湾附近的小岛，也在被割让之列。澎湖则包括北纬二十三度至二十四度之间，及东经一百一十九度与一百二十度之间的所有岛屿。辽东半岛的界限，是由鸭绿江上溯到安平河口，再由安平河口至凤凰海城营口，然后以辽河中心为界直至大海，把旅顺、大连、金州等都包括在内。
其余各款，涉及割让各地的居民的国籍问题、赔款问题，等等。辽东、台湾与澎湖的人民，可以在两年内变卖产业，迁往中国其他地区而仍为中国人。否则，超过两年均一律当作日本的臣民看待。
赔款的总数是两万万两，分作八次交付。第一次五千万两，以六个月为限；第二次五千万两，以十二个月为限，必须付清。其余的分在以后的六年之内摊付，每年付六分之一。从第一次付款以后，所有未付的款项概须加算年利百分之六。倘若中国能在三年以内把两万万付清，所有的利息可以免付，已付的也可扣除。
商埠加开四个：沙市、重庆、苏州、杭州。内江、内河的航行权，也延长到这四处。
日本人可以在所有的商埠开设工厂，厂用的机器准予纳税进口，制出来的成品，照纳进口税，如销行内地，只纳子口税而不纳厘金。这一项，是以前列强所不曾想到的妙法。日本人藉此可以省下两笔运费与一笔出口税。他们毋庸将中国原料输出日本，花费出口税与运往日本的运费，也毋庸等到在日本制为成品以后重新运到中国来，又花运费。
关于另订商约、也有一款。过去中、日之间的一切条约，已因作战而取消；新的商约必须制定，以中国与列强之间的条约为蓝本，换句话说要包括片面的领事裁判权、协定关税与最惠国条款。
日本有权在威海卫驻兵，作为中国缴付赔款与另订商约的保证。赔款一日未清，或商约一日未另订，则威海卫的日本兵决不撤走。驻兵的军费由中国负担。
中国其他各地现有的日本兵，等待这《马关条约》正式批准而互换以后，于三个月之内撤走。换约的日期定为本年阴历四月十四日(5月8日)。(日本从明治天皇的时候起，开始用阳历。以前完全用中国的阴历。)
两国的俘虏互相交换。中国允诺不惩罚所换回的俘虏，与曾经在作战期间与日本军队合作的中国人(汉奸)。
此外，关于日本政府可以在新开的四个商埠派驻领事，日本臣民可以在内地租用货栈也有规定。
这《马关条约》不仅在中、日两国的历史上是空前的，在世界任何一国的历史上亦无先例。日本以极小的代价获得极大的收获，日本人自己承认：他们最初的国家工业资本，便是从中国所付的庞大赔款而来。同时，中国的财政与国民经济经此打击，也几乎翻不了身。
中国人，在听到《马关条约》的消息以后，无不极为愤慨。
参劾李鸿章的奏章，犹如雪片一般飞向清廷。最沉痛的莫如翰林院编修丁立钧等人的一本：指出这《马关条约》“目前之大害有八，将来之大害有十。”他们请光绪皇帝不要批准、继续作战，然而结果还是批准了。
《细说清朝》一二五、日本还辽取台
中、日的新商约在《马关条约》签字后，不久便缔定了(闰五月二十九日)，一切依照伊藤博文与李鸿章在马关的成议。
《马关条约》的互换，也一本规定于次年5月8日在烟台(芝罘)举行。然而条约之中的割让辽东半岛部分，不久便在九月二十二日由日本“自动”取消，以增加赔款三千万两作为交换条件。