于是，朝廷解除了庾悦的职务，刘毅移镇到豫章，派其亲信将佐赵恢率领一千士兵守寻阳。
义熙八年（412年）四月，刘毅迁都督荆宁秦雍四州及司州之河东河南广平、扬州之义城四郡诸军事、卫将军、开府仪同三司、荆州刺史，持节、开国公不变。刘毅上表朝廷认为荆州编户居民不满十万，器械荡然无存。广州虽凋残衰败，但还能出产可用的丹漆，请求依照先前的标准。于是朝廷加封刘毅都督交、广二州。
刘毅至江陵，竟擅自选取江州士卒及豫州西府文武将佐一万余人，留用不遣散，又以疾病困苦，请求遣派刘藩为佐官。
刘裕因刘毅存心背叛他，便上书奏报朝廷。晋安帝下诏说：“刘毅傲慢骄纵凶狠残暴，长期行走霜上而不警惕严寒冰冻将至，中间招致覆灭惨败，早应明正典刑处决示众。但晋法宽大仁厚，依旧受到宠信并授予要职。而刘毅不引咎自责，心怀不满日甚一日。幸赖宰相包容宽恕，使他随其心意而不加遏止，又推荐并帮助他经略西方重镇，使其光宠荣耀增长到极点，希望他能感恩戴德洗心革面，改过自新。而刘毅不思悔改，立志做行恶奸徒，欺上凌下，放纵无度。既已解除都督职任，江州不再归他统辖，而他竟擅自迁移部众，带走全部军资，指挥命令过去的部下，大树亲信党羽。豫州西府二局，文武将佐一万有余，刘毅将其全部强行留用，不曾向朝廷回报片言只语。恣肆骄纵，**膨胀，目无朝廷。又与其堂弟刘藩遥相呼应，招聚剽悍狡诈之徒，修缮战甲拥兵自重，外托看视兄长疾病，实则窥伺时机，同党相互帮衬，图谋统领荆郢之地。尚书左仆射谢混凭借家世资望，超格蒙受朝廷厚遇，竟轻佻浮躁，行为不检，造成了祸乱，煽动内外，与刘毅相勾结图谋不轨，是可忍，孰不可忍！”于是朝廷诛杀了刘藩、谢混。
随后，刘裕亲自率领部众讨伐刘毅，命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，在江津烧毁舟船而向前挺进。
王镇恶一路上伪称是刘藩西上，刘毅信以为真，没有派兵阻击。王镇恶自豫章口弃船步行进军，蒯恩率军在前，王镇恶紧随其后，每艘船上留一两个人，对著船岸上竖六七面旗，下面放一鼓，告诉留下来的人说：“估计我们将到城下，便长久地戒严，让人看起来好像后面还有大军的样子。”又遣人烧毁江津（今湖北沙市东南）刘毅的船舰，断其退路。王镇恶率军直指江陵城，对前军说：“若有问者，就说刘兖州到了”。沿途津戍及百姓听说刘藩来了，未产生怀疑。