寇谦之不仅想到崔浩的未来灾难，也想到了他自己的现状，他以太武帝名义修建“静轮天宫”，因“必令其高不闻鸡鸣狗吠之声，欲上与天神交接，功役万计，终年不成”，而招致大臣们的非议：“寇谦之想以无止境的时间，办不可能办到的事，费损财力，疲劳百姓，恐怕不太合适吧？”太武帝也认为无不有理，寇谦之很清楚这个内情。他还意识到他所招收的新老弟子，入京城之后，个个贪图享受，无所长进，自己己年过八十，道教后继无人，静轮天宫，己历时十八年，而竣工无期，这使得寇谦之己力不从心了。他感到大限将至，对弟子们说：“当我寇谦之在世之日，你们可以求得荣华富贵，一旦我去世，这静轮天宫真难修成呵！”太平真君九年（公元448年），寇谦之预言不久的夜里，在尚未完工的静轮天宫里死去，享年八十三岁。
两年后，崔浩奉命纂修国史，太武帝借口崔浩“尽述国事，备而不典”，将其诛杀，并尽戮其族。崔浩之死，正被寇谦之言中。太平真君十一年（公元450年），迫于压力，太武帝下令拆除静轮天宫。太平真君十二年，太武帝突然终止“真君”年号，改元“正平”，可见太武帝已经改变了一味放任道教势力的做法。十个月后，太武帝被近侍宗爱所杀死。因太子拓跋晃早死，由皇太孙拓跋濬即位，是为文成帝。
此后，北魏的新帝登基，按照祖宗旧例，亲登道坛，接受符箓。北魏孝文帝元宏元和十五年（公元491年）将道坛由城南迁至南郊，定员由一百二十人减至九十人。孝文帝迁都洛阳后，一照旧例，在洛阳城南新建道场，定员为一百零六人。北魏孝武帝元修永熙三年（公元534年），孝静帝元善见由洛阳迁都邺城，建立东魏，在邺城南建立道场，定员仍为一百零六人。东魏武定六年（公元548年），高澄奏请取消道坛。北齐文宣帝高洋天宝六年（公元555年），佛道论争暂告平息。
寇谦之对早期道教的教义和制度进行了全面的改革，吸取儒家五常（父义，母慈，兄友，弟恭，子孝）观念，吸融儒释的礼仪规戒，建立了比较完整的的道教教理教义和斋戒仪式，并改革道官职位的世袭制度，主张唯贤是授，信守持戒修行。佛教传入中国后，与道教之间的矛盾比较激烈。在理论方面，道教不是佛教的对手。“即使在信仰方面，如五斗米道、李家道之类仅以治病为中心，富有浓厚的咒术宗教色彩的道教也不可能长期维系人们的信仰。”寇谦之对佛教的借鉴体现在思想、仪式、神仙塑造、科技和养生诸方面。