王猛率军长驱而东，包围了邺城。邺城附近原先劫盗公行，这时变成了远近清静。王猛号令严明，官兵无人敢犯百姓，法简政宽，燕民无不欢庆，奔走相告。同年十一月，苻坚亲率十万精兵前来会师，燕臣开城门投降，逃走的慕容暐、慕容评等全部被秦将巨武追拿回来，前秦名将郭庆扫平辽东诸县，前燕正式灭亡。苻坚给王猛加官晋爵，封为清河郡侯；又赐予美妾、歌舞美女共五十五人，良马百匹，华车十乘，王猛固辞不受。王猛镇守邺城，选贤举能，除旧布新，安定人心，发展生产，燕国旧地六州之民如同旱苗逢雨，欢欣雀跃。
后来，王猛入朝任丞相，都督中外诸军事。前秦天王苻坚回过头来解决残存于西南等地的割据势力，宗室名将苻雅灭亡仇池国，并威慑吐谷浑称藩，成功孤立了前凉。当初王猛大败张天锡时，曾俘获其将阴据及甲士五千人，这时即派人送他们回去，并捎去王猛给张天锡亲笔信一封。王猛在信中引古论今，透辟地分析了天下大势和凉国的危险处境，劝张天锡幡然悔过。张天锡见信大惧，寝食不宁，终于向秦谢罪称藩。接着，鲜卑乞伏部被前秦名将王统降服，最终臣服于秦。
死仍忧国
在慕容垂投奔前秦之前，王猛对其颇有戒心，曾对苻坚说：“慕容垂父子，就如龙虎，不是可以驯服的人，若果他日其假借时势，就不可能控制了，不如早日除去他们。”但苻坚拒绝。及至王猛于前秦建元五年（369年），出发进攻洛阳时，慕容垂在与王猛饮酒时将自己的佩刀送给王猛。因慕容垂长子慕容令参王猛军事随军，王猛就买通慕容垂的亲信金熙假称慕容垂使者，向慕容令假称慕容垂将在长安叛秦东归。慕容令整天犹豫，但因为不能找到父亲查证，最终还是假称出猎而投奔前燕。王猛于是乘机上表慕容令叛变，吓得慕容垂出走蓝田（今陕西蓝田县），但苻坚追还慕容垂后没有加罪，仍旧善待他。相反慕容令始终不被前燕所信赖，最终起兵失败被杀。
王猛积劳成疾，终于在前秦建元十一年（375年）六月病倒了。苻坚亲为王猛祈祷，并派侍臣遍祷于名山大川。碰巧王猛病情好转，苻坚欣喜异常，下令特赦死罪以下。王猛上书说：“想不到陛下因贱臣微命而亏损天地之德，自开天辟地以来绝无此事，这真使臣既感激又不安！臣听说报答恩德最好的办法是尽言直谏，请让我谨以垂危之命，敬献遗诚。陛下威烈震慑八方荒远之地，声望德化光照**之内；九州百郡，十居其七；平燕定蜀，如拾草芥。然而善作者未必善成，善始者未必善终。所以，古来明君圣王深知创业守成之不易，无不战战兢兢，如临深渊。恳望陛下以他们为榜样，则天下幸甚！”