看到如此敷衍了事，元老院更加愤怒了，他们让朱古达前来罗马解释，为自己辩护。在元老院的承诺之下，朱古达的生命安全得到保证，朱古达于是前往罗马。朱古达提前贿赂了保民官比尤斯，在面对愤怒的元老院质疑时，比尤斯使用了否决权！这个时候，朱古达知道了自己同父异母的弟弟也在罗马向元老院争取权力，朱古达光明正大地把他弟弟杀了。面对如此嚣张的朱古达，元老院恨不得把朱古达撕了！但是由于之前的承诺，朱古达有惊无险地离开了罗马，离开罗马之前，朱古达大声地嘲讽：“这是一个只要能找到买主就会死掉的无耻城市！”
公元前110年，不甘心失败的元老院继续派遣大军攻打朱古达。但是，这支军队更加不堪，里面充斥着商人、奴隶，甚至还有妓女！毫无疑问，罗马人大败。为了消灭朱古达，元老院也发狠了，这次元老院安排了昆图斯·麦铁路斯率领大军前来攻打朱古达，军队里面就有以后大名鼎鼎的马略和苏拉两位军官。
这次朱古达的金元政策失效了，努米底亚人和罗马大军在木图尔河隔岸相遇。马略建议麦铁路斯安排两个兵团正面佯攻，然后派出一个兵团于夜色绕路木图尔河上游包抄努米底亚人后方，剩余部队于岸边埋伏。罗马人率先渡河攻击努米底亚人，在努米底亚人的标枪和投石机的远程打击下，罗马人假装溃败，大喜过望的朱古达下令全军追击。渡河过后，罗马人的伏兵神兵天降，努米底亚人大乱，朱古达慌忙撤退，重新逃回河对岸之后，罗马人在上游的奇兵再一次杀到，努米底亚人彻底崩溃，朱古达仅率十几亲兵得以逃脱。
木图尔河战役结束之后，朱古达向罗马求和，罗马拒绝了，罗马只接受投降。看到事不可为，朱古达调整了战略，他利用地形优势，只派小股部队骚扰罗马人进行游击消耗战，并不与罗马人进行决战。战争断断续续地持续了三年，期间马略凭借木图尔河大捷成功当选了执政官，马略对罗马进行了军事改革，将原来的义务兵役制改为专业募兵制，这一做法加速了罗马军事官独裁统治的步伐，此时后话。
回到北非的马略发现朱古达仍然在负隅顽抗，但是由于地形不熟，罗马人也抓不到朱古达。这时，朱古达的岳父毛里塔尼亚国王波库斯送来枕头，他说可以帮助罗马人消灭朱古达的残余力量，但是必须让苏拉前去谈判。经过苏拉自己对马略的劝说，苏拉应约前往会见波库斯，对于苏拉的胆量，波库斯十分钦佩。公元前105年，罗马人在波库斯的帮助下对朱古达进行扫荡，朱古达逃到毛里塔尼亚后被自己岳父抓住，然后被献给罗马人。朱古达最后在马略举行凯旋时被绞死。
虽然罗马人对朱古达恨之入骨，但是现今的阿尔及利亚人却视马西尼萨和朱古达为民族英雄。
朱古达战争之后，努米底亚王国完全依附于罗马，苟延残喘了将近60年。公元前46年，与凯撒争斗失败的庞培派逃到努米底亚得到了国王优巴的支持继续对抗凯撒，其后凯撒率领了6个兵团登陆北非。凯撒兵分两路，一路攻打努米底亚首都，另外一路与庞培派进行野外决战。在与庞培派的决战中，庞培派的象阵集体冲向凯撒，凯撒深知大象的弱点，他让军队鼓乐齐鸣，受到惊吓的大象掉头就跑，凯撒顺势掩杀，一场史诗般地屠杀盛宴上演，最终凯撒只损失了五十几人就彻底击败政敌，这场大战后，大象彻底退出西方军事舞台。与此同时，另外一路大军也顺利攻陷努米底亚首都，国王优巴被活抓，努米底亚彻底消失，成为了罗马共和国的一个行省。