被皇帝和众臣推举为兵部尚书的于谦，抽调京师周围其他卫所的地兵力，组织了20万人守卫大明京都北京。
于谦亲自带领军队与京郊与瓦剌大军激战，最后将其击败，这场战役是大明历史的转折点。从此之后大明正式确立了以文官驾驭武将的制度。
虽然卫所制度逐渐衰败。还是能很有效地控制卫所所在地的大明领土的。
毕竟将士才是国家的顶梁柱，只要他们一天保家卫国，那么及时有宁王这样的叛臣，也只是昙花一现，更多的是王阳明、戚继光和秦良玉这样的忠君爱国的名将会挺身而出。明朝是中国古代历史上最后一个由汉人建立的王朝，它也是最后一个由汉族建立的大一统王朝。
其实严格上说起来，不管是东北的努尔哈赤。还是最后推翻大明的李自成。他们都是属于卫所制度下的职业军士。
他们与其说是改朝换代，不如说是明朝的军方对控制他们的文官的反攻倒算具体表现就是在清朝建立后，对汉族的文官百般的防范打压。
并不是因为那些文官是汉族。而是清朝不分满汉对文官是根本的不信任，终清一朝。掌握实权的始终是有那些从卫所制的八旗中挑出来的所谓的旗人官员，他们当中有很多就是汉族。还有很多所谓的包你奴才当的官。他们也是汉族。最有名的就是雍正家的包衣李卫。
所谓的满清八旗制度，其实上就是彻彻底底的只是改了一个名字的明朝的卫所制度。包括卫所制度的一切的规定都丝毫没有走样的继承了下来。
清朝后来所谓的打迁，包衣和奴才等说法，实际上最开始通行于辽东的明军系统。
满清吸取了明朝的教训把卫所制度的官兵改成八旗兵和绿营兵。
八旗兵是在入关前的兵制基础上发展起来的。它是用八种不同颜色的旗帜进行编制的武装。入关以后继续沿用以其统兵。而八旗兵采取世袭制年龄16岁以上的八旗子弟，人尽为兵。……
八旗兵是在入关前的兵制基础上发展起来的。它是用八种不同颜色的旗帜进行编制的武装。入关以后继续沿用以其统兵。而八旗兵采取世袭制年龄16岁以上的八旗子弟，人尽为兵。
绿营兵就是向清廷投降的明朝各地的镇戍部队。起初大部分就是所谓的九边的边军。也是明朝中最精锐的部分。绿营兵通常是有土著兵、父子兵所组成的所以团结性较强即使面对逆风战也能为了给身后的父兄留条退路而死战到底。
清朝政府为了防止绿营兵形成藩镇化。所以就采取了一系列的限制制度。
用兵时从各路绿营兵抽调军队，有边将统辖，实际上是恢复了卫所制以前的是兵不知将，将不知兵的制度。
而且绿营兵使用小营制，每营兵不过三五百人没有明朝卫所制使那样庞大的兵力。从而也不用使用太监或者文官监军也基本保证了绿营官兵的待遇和他们对朝廷的忠心。
这点可以在辛亥革命前后，由绿营改编的巡防营的表现体现出来。
那些跟随革命党造反的军队，全部是新军。而作为绿营改编的旧军巡防营往往是与新军作战的反面存在。虽然他们的战斗力不如新军但是他们对满清王朝的忠心绝对是在新军之上。
清朝还采用总督营、巡抚营和驻防营的制度。使主要的地方兵力控制在都督文官手中。但这些督府只有指挥权。而绿营兵的实际控制权是在各个绿营的长官的手里。从而使指挥权和领兵权分离防止任何一方都做大。
绿营兵是世袭的所以绿营就成为和八旗一样的世袭制卫所兵了。
太平天国运动和清朝数次的对外战争的失败。让清朝开始在全国编练新军。实际上的兵制并没有多大的改变，只不过是由世袭制变成了募兵制。其根本还是延续了几百年的卫所制度的变种，都是部队就食于地方，并维护地方的安全。一旦国家有战事，就由部队的各个驻地抽调部队参加战斗。但是，募兵制有一个极大的缺点。就是军队需要将领招募的往往会变成将领的私军。
而这种制度也从明朝一直延续到新中国建立之前，其表现方式就是全国各地大大小小的地方军阀和地主团练武装。
这种卫所制在中国实行了将近500年。固然有其军户长期世袭，战斗力下降，容易产生地方军阀。卫所兵为其首领之命是从。他们对中央的忠心，是其领兵将领对其中央的中心程度而定的等缺点。
但也有其的优点的那就是卫所军在维护地方的社会安定和维护国家统一方面有其坚定不移的立场。
比较有特点的就是民国的大西南的地方军阀部队，比如川军。滇军。桂军。
川军虽然在内战期间。把四川百姓盘剥相当凶狠。但在抗日战争中其坚定的抗日决心以及顽强的作战精神。使中国有了无川不成军的传说。
而滇军。桂军在抗日战场上都有出色的表现。
作为其代表的原国民革命军60军也是后来的中国人民解放军50军就是典型的有卫所制特点的地方军阀武装。
曾泽生率滇军在惨烈的台儿庄战役中奉命固守禹王山20昼夜，打光了子弹就再把刺刀拼到卷刃，部队虽然伤亡过半，但日军始终无法接近阵地。