兵部，掌管选用武官及兵籍、军械、军令等一切后勤事务。主官为尚书，次官为左、右侍郎，各的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
刑部，掌律令、刑法、徒隶、按覆谳禁之政。会同九卿审理“监候”的死刑案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。尚书一人，左、右侍郎各一人，各司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
工部，长官为尚书，设左、右侍郎各一人，各司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。掌管营造工程事项，如河道清理拓宽、桥梁、道路、宫殿、陵寝修建等事宜。”
秘书官念到这里停了下来给众大臣和将军们消化的时间，过了一会儿，秦东开口问道：“诸位对于国务院的各职能机构还有疑问吗？如果没有疑问，那就继续，秘书官说说军机院和都察院吧！”
“是，陛下！”秘书官接着又念道：“军机院由皇帝陛下亲自掌管，自任天下兵马大元帅，团级和团级以上规模编制的军队调动都必须要经过陛下的御批才允许调动，团级和团级以上军官和将领的升迁、任免及授衔都必须要经过陛下御批，团级以下军队的调动和团级以下军官的升迁、任免交由军机院下属职司负责。军机院设军机大臣一人，由皇帝陛下亲自兼任，另设军机副大臣七人协助皇帝署理军机院大小军务，其下设军队调防司、军队作训部、战争动员司、战争指挥部、后勤保障部、军人军职军衔管理部、军人思想政治部七个部门，每名副军机大臣负责一个部门，每部设部长或司长一人，副职两人，下属司职机构和官员视具体情况而定。
都察院，下设左右督御史、左右副督御史、左右佥督御使、再往下设若干行省监察御史，分管每个行省的检查工作。都御史既为都察院之长官，对监察御史负有领导和考核之权责。左都御史带领左副都御使、左佥督御使督查朝廷和地方官员。而右都御使辖右副都御使、右佥督御使及若干监察御史监督内部！”
听到这里众官员们都算是明白了，这新成立的朝廷政治体系，各部门内部互相合作但又互相牵制。权利并没有集中在某一个人的手上，权利最大的是皇帝，例如国务院内，六个副总理大臣既要互相合作协助总理大臣管理六部政务，又互相牵制，而总理大臣下面有六个副总理大臣，这些人肯定并非和总理大臣一条心。因此总理大臣也不能做到大权独揽，皇帝只要一句话，总理大臣就得下课走人。就连都察院内部也一样。左派的御使负责监察朝廷和地方行省的官员，而右派负责监督左派，不过左派的左都御使又是都察院老大，右派的人想整他的人也不是那么容易。双方可谓互相制约。
费尔顿站出来问道：“陛下。既然有了军机院，为什么还要在国务院下属的六部中设立一个兵部呢？兵部和军机院的职能是否有些重叠？”
秦东道：“没有重叠的地方，国务院六部当中的兵部只是负责选用地方驻防武官、管理士兵军官的军籍、军械的制造、军令制定，兵部除了受国务院管辖之外，还要受到军机院的管辖，属于双重管理，所以兵部在运转时，官员还需与军机院沟通。秘书官，接下来继续说九卿”。
“是。陛下！”秘书官接着道：“诸位大人和将军，皇帝陛下以下除了三院六部之外，还设有九卿，分别是太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、鸿胪寺、司农寺、太府寺，每寺有寺卿一人！”