赤松德赞逝世后，热巴巾赞普（约815—838年在位）继续把拉萨视作弘扬佛法的中心。在他的全力支持下，完成了大昭寺四周佛殿的扩建，即东西两处的噶鹿和木鹿佛殿；南部兴建了噶瓦和噶巴沃两个佛殿；西部建了止康和正康塔马二殿。在拉萨西南桑浦河谷外，吉曲河东岸的俄样多之地新建了一座名叫柏麦扎西格培的大寺院。
八世纪末叶，吐蕃社会持续动荡，在拉萨及周边地区先后发生了朗达玛灭佛和奴隶平民起义的重大事件。赞普朗达玛在838年继位后，采取和他的前任赞普全然不同的政策，下令封闭吐蕃境内全部佛寺，强迫所有僧侣还俗，焚毁一切佛教经典。这些措施激起了在吐蕃社会势力庞大的佛教组织的强烈反对，842年，朗达玛在大昭寺被僧人贝吉多吉刺杀，从此，强大一时的吐蕃帝国濒临崩溃。
在857年，吐蕃邦金洛平民发动起义，同时以拉萨为中心的卫如地区两大奴隶主家族卢氏和巴氏因为利益关系发生严重冲突，发生了长期的战争。起义军利用他们火并的时机，侵入吐蕃帝国的中心地带。平民起义持续了长达几十年的时间，吐蕃社会终于在起义风暴中彻底瓦解。此后数百年，吐蕃分裂为许多部，拉萨的地位急剧下降，许多历史建筑毁于战乱。
元治时期，分裂割据的后期，拉萨地区多次发生鲁悔、巴、惹、征四集团间的战争。1160年，在拉萨、雅隆澎波一带
四集团互相攻杀。连续不断的战争，不但给拉萨地区藏民的生命财产和农牧业生产带来很大危害，还烧毁了大昭寺、小昭寺的一部分，损失严重。此后不久蔡巴喝举于拉萨一带崛起，逐步取代了其它地方势力在拉萨的地位。
1239年，蔡巴噶举派派使臣到蒙古地区展开外交，中国皇帝元世祖忽必烈赐蔡巴庄园属民3700户。13世纪中叶，元朝划分卫藏十干万户，蔡巴被归为3个万户之一。蔡巴万户作为拉萨一带的重要势力，在拉萨发展的历史中起过重大作用，也有过不少建树。它不但建有蔡巴寺、贡唐寺，而且蔡巴噶举的创始人向·尊珠扎巴、他的门徒和历代蔡巴万户长还长期悉心管理着大昭寺，并多次对大昭寺进行整修。还曾组织力量疏通水道、加固河堤，一度使城市得以复兴。
明朝时期
1409年，著名的黄教始祖宗喀巴在拉萨创立了第一次祈愿**会。同年他在拉萨以东的旺古山上兴建了格鲁派的第一座大寺院——甘丹寺，黄教寺院得到发展。1416年，宗喀巴的弟子降央曲吉·扎西贝丹在大贵族柳梧·南喀桑布的资助下，在拉萨西郊约10公里外的地方修建了哲蚌寺，1419年，宗喀巴的另一个弟子降青曲吉在拉萨北郊修建了色拉寺。
格鲁派以这三座大寺为基地，不断壮大自己的势力。大约16世纪初，宗喀巴大弟子吉尊·喜绕憎格专门研习密宗，在拉萨建立了密宗学院即下密院。后来贡嘎顿珠又在密宗学院的上部另建了上密院，形成著名的上、下密院。在以后的一段时期内，喜绕僧格还先后在色拉寺山上的色拉群丹处、蔡公堂，达孜县的德钦桑昂卡尔，墨竹工卡县的吉米次和彭波竹结等拉萨郊区继续修建了一些类似的寺院。从此，拉萨佛教兴盛不已。
明朝还在**边界开设了一些茶马互市，内地的纸张、丝绸、茶叶等通过茶马互市进入**，**的牛、羊、马交换到内地，内地与**边地经济上的往来非常密切。
公元1644年，清朝入主中原，统一全国，并逐步建立起对**地区的统治。从17世纪到18世纪，五世哒赖到八世哒赖时期，**政治相对稳定，社会相对安宁，拉萨城市发展相对较快。在此期间拉萨发生过两次较大的动乱，一次是1717年新疆准噶尔人入侵，一次是1727年前后藏发生战争，都由清朝中央派兵平息。特别是公元1727年到1788年间，除1750年郡王珠尔墨特那木扎勒被诛引起短暂的骚乱外，拉萨人过了整整50年没有社会动荡和战争硝烟的和平日子。在此期间拉萨修建了大量贵族府邸、活佛家庙、政府衙门，还有商店、作坊、茶楼、酒店、民宅等。这时，拉萨市区以大昭寺为中心向四面延伸辐射，不断扩大，东至清真寺，南至三怙主庙，西至琉璃桥，北到小昭寺，基本上形成了今日旧城区的格局。到清仁宗嘉庆（1796—1821）年间，拉萨居民已有5000余户，人口达3万之多。