于是朱由检便在这杀与不杀之中摇摆起来
当李鸿飞得知朱由检的真实意图后，也是十分吃惊，不过他没有表现出来，吃过一次亏的李鸿飞，不在寄希望于朱由检良心发现，而是将之前的正面对抗，转为秘密发展。
朱由检利用李鸿飞完成初期的改革步骤，顺便清除东林党人的威胁。
李鸿飞同样将计就计，不断找朱由检索要权力，索要资金，快速发展自己的势力。
未免提前暴露自己的意图，甚至连郑成功一再提出的“清君侧”计划，都毫不犹豫地推掉。
果然，从两人刚刚回到南京，朱由检就向李鸿飞询问郑成功一事可以看出，要么郑成功有问题，要么郑成功身边的人有问题。
所以这次兵变，李鸿飞压根就没让第三集团军参与其中。
李鸿飞在南巡期间的表现，让朱由检放心不少，加上刚一回京，李鸿飞便提出了土地兼并问题，这让朱由检的杀心再次降低。
杀人，等到将对方剩余价值榨干后，再动手也不迟。
反正朱由检已经安排好了后手
“如果我所料不差，等我随您前往京城后，便会遭遇满清余孽的行刺吧！”李鸿飞直言不讳道。
没错，明面上加害李鸿飞根本不现实，而且李鸿飞在南方有不错的群众基础，暗杀很容易走漏风声，最好的选择，便是在刚刚收复没多久的北京实施“借刀杀人”。
只要王国兴掌控了京城，一旦有“满清余孽”作乱，来个全城封锁，轻易便能解决所有问题。
“有魄力，你接下来打算怎么做？”朱由检询问道。
对于李鸿飞前面的解释，他并不想反驳什么，如果能重头来过，他甚至会在李鸿飞回南京的第一时间，便向对方下杀手。
“放心，您继续做您的皇帝，我只是想让您履行当初的承诺罢了。”李鸿飞说道。
“就这么简单？”朱由检不大相信。
“就这么简单，我只是拿回本就属于我的，毕竟您好歹也是我岳父嘛！”李鸿飞笑着说道。
尽管心里恨不得杀掉这个便宜岳父，但现实就是这么无奈，他若真出手杀了朱由检，整个大明又将陷入动荡之中。
乱世之中并不缺乏野心家，李鸿飞下一步最主要的任务便是收回兵权，这时候爆发战争，岂不是让那些武将越做越大么？
归根结底，李鸿飞跟朱由检，实际上属于同一类人。
“希望你的选择是对的。”朱由检目光有些暗淡。
“还请您拭目以待。”李鸿飞信心十足道。
“李梦回！你这个乱臣贼子，难道就不怕遭报应吗？”高宏图在另一间船舱内大喊大叫。
“报应？劳资还真不怕！”李鸿飞喃喃自语道。
整个长江水师高度戒严，沿途并未做任何停留，仅用半个月时间，便顺利抵达北京。
崇祯二十二年十二月初三，朱由检及一应朝廷官员，“顺利”抵达北京。
十二月初五，朱由检颁布诏令，废除六部，重开中书省，封李鸿飞为左丞相，史可法为右丞相，共同统领朝中文武百官。
说是重开中书省，实际上是对各部门进行整合，将原本六部的权力，都集中在了左右丞相的头上。
十二月初七，朱由检在颁诏令，原吏部尚书高宏图，吏部左侍郎钱谦益一干人等，结党营私，贪赃枉法，责令罢免官职，交由大理寺审理，依法严办。
政治斗争总会有牺牲，朱由检不能有事，那就只能让东林党人当替罪羊了，搞掉其中的头头，剩下的也就只能乖乖依附到李鸿飞麾下。
十二月初八，朱由检颁布诏令，着令左丞相李鸿飞，重组内阁，一应人选皆由李鸿飞决定。
此令一开，预示着以往由皇帝甄选内阁大臣，变成了由左丞相甄选内阁大臣，皇权将因此而大幅度削弱。
十二月初九右丞相史可法，着手组建大明国会，并编纂新的《大明律》。