随着胡人陆续进入朝廷，胡汉由原来的九汉一胡逐渐升至京官胡汉对半分，这种矛盾随着时间的推移逐渐暴露。
随着战事告一段落，朝廷派遣使者慰劳各位将领。薛万均排斥诋毁契苾何力，契芯何力?忿，拔刀与薛万均撕杀扭打在一起，众将连忙出手制止。皇帝听闻闻知此事，想要调节两人矛盾，薛万均不服皇帝劝解，告契芯何力等人的状，皇帝大怒，想要解了薛万均的官职授与何力，何力坚持不肯要，对皇帝说道:“陛下因为我的缘故解了薛万均的官职会让胡汉更加不和，这不是臣愿意看到的，希望陛下不要让矛盾激化下去吧。”皇帝赞扬契苾何力的胸襟，同时简单批评了薛万均两句轻轻将此事揭过不提。数日后迁契苾官职宿卫皇宫北门，检校屯营军务，将宗室女临洮县主许配给了契芯何力。
岷州都督、盐泽道行军总管高甑生延误军机，李靖按军法处置，令高甑生暗恨李靖，于是趁机诬告李靖谋逆。承乾听到这个消息时颇感震惊，高甑生怎么敢。贞观年间天象异常、天灾不断，朝廷忌讳谶纬之术，更忌讳谋逆之罪，多少人家因被诬告谋逆而在监牢被严刑拷打致死，家族被流放边远蛮荒而死伤凋零无数。
况高甑生不似平常将领，他是皇帝还是秦王时就跟随秦王南征北战的潜邸旧臣，皇帝的亲兵卫队卫队长。皇帝亲自令有司核验，有司报告说没有李靖谋逆的确凿证据。
八月庚辰处置结果出炉，高甑生坐减死，徙边。原秦王府旧臣有言:“高甑生乃是秦府功臣，请宽免其罪一二。”皇帝道:“甑生违反李靖节度，怀恨在心蓄意报复，诬告李靖谋逆，如果这样的事还要宽刑免罪，要律法做什么！况且从晋阳起兵到现在有功者何止千万，若没个都像他获得减免以后人人犯法了托关系请求减免，哪里还禁止得了。我从没忘你们这些旧人，也正因如此我才更要严肃处理这件事，也是给你们一些警示，勿谓言之不预也。”至此李靖回到家闭门谢客，即使亲戚也不得见李靖。
十月皇帝欲要亲临太上皇园陵拜谒，群臣以皇帝哀伤过度劝谏皇帝不可前往。皇帝于是心安理得的派遣皇太子代自己祭奠太上皇陵寝。承乾自然见怪不怪了，承乾从很久前便替帝后宗室主持了许多祭祀，祭奠先帝坟墓自也在此列。
这年冬十月乙亥西突厥遣使入朝觐见。庚寅，在长达半年的极限拉扯后终于是敲定了太上皇的葬礼相关事宜。这半年中每次遇到葬礼事宜总要吵起来，征伐吐谷浑都没这般意见纷扰过，实在令承乾大感头秃。为谥号争吵，为祭台高度争吵，为祭奠礼仪争吵，几乎没有不争议的话题，如今终于是落下了帷幕。庚寅，葬太武皇帝于献陵，庙号高祖，与穆皇后合葬，加号太穆皇后。
十一月，以光禄大夫萧瑀为特进，参预政事。特进李靖上书请致仕告老，皇帝不许。
吐谷浑甘豆可汗长期作为质子生活在京师，其国人不服为部将所杀，其子诺曷钵被立为国主，以其年幼大臣不服争夺国中大权引发大乱。十二月兵部尚书侯君集率唐军援兵至吐谷浑调解争端。
贞观十年丙申，公元六百三十六年春，正月，甲午，皇帝恢复上朝听政，承乾卸下了监国的重担，全身心的照看皇后病情。自去年下半年以来皇后便长卧病榻一直不见好转，至今情状已大不如前，似有日薄西山的征兆。