贞观三年前后东突厥突利可汗阿史那什钵苾之弟阿史那结社帅部落民归降唐朝，唐廷任命他为中郎将，但是并不安排具体事务给他做，久而久之长安的繁华便令他迷花了眼渐渐过上奢侈萎靡的生活，品行更加低劣，更加暴虐自负，就连曾经令他敬重的突利也劝不住他的恶行。皇帝更加看不起他，长久的不给他安排任何实质性职务，而他则愈发的愤怒。他散布手下在长安和周边召集从前部落的旧部，大约秘密集结了三百多部众，并打听到晋王近期会出宫前往九成宫看望皇帝的具体讯息，阴谋趁晋王出宫打开宫门卫队换防之季直扑皇宫控制宫城。
贞观十三年夏四月十一，在皇帝车驾离开京师七天后阿史那什结社伙同阿史那什钵芯之子阿史那贺逻鹘所率四十多人统共筹集四百多旧部埋伏分散部署在晋王出宫的必经之路上等待，不巧这日天气转寒，晋王年幼体弱有些受凉，承乾便提早进宫看望其病情并安其排车驾过几日再出宫。阿史那结社未等到晋王车驾如期而至却等来了车驾更为华丽威仪的承乾一行正待出宫，阿史那结社以为这便是晋王车驾遂发出号令率四百部众从几个方向不同地点同时发起攻击。
承乾车驾和随从东宫以及宫廷卫率哪里有准备，立刻乱做一乱，踩踏冲撞死伤不济，在地形地势和光线的掩护下冲破匆忙赶来的宫廷卫率四层防线，流流失四散乱飞令保卫在承乾周围的四十多名卫率当场射杀，孙武等随后赶到的折冲府孙武等五百多府兵的奋力冲杀下才渐渐稳住阵脚，随着源源不断集结而来的府兵和宫廷卫率赶来这边，战局进入僵持阶段。阿史那结社自知已经无法成功，遂率亲随人马向早已准备好的路线撤退，在御马监马厩胡人小吏的里应外合之下轻易盗走数十匹良驹向北逃窜，渡过渭河泾水，本已准备好投奔已在外接应的突厥部族，唐军紧追不舍终于在出境前将其与十数亲随拦截抓捕并斩首，而在宫门外抓到的阿史那贺逻鹘则被贬谪流放岭南，其人出发十余天后便被仇家杀死在当地驿站附近，官差和其尸首皆已找到但尚未破案。
至四月十七，巴州、壁州、洋州、集州等地的獠人叛乱被陆续平定，左武侯将军上官怀仁已先行押解俘虏男女六千在回京师的路上了。
五月云阳发生煤层自燃引发森林大火，烧毁村舍房屋无数，大火仍未扑灭，官民伤亡尚未统计出结果。云阳自去年一整年不下雨至今年五月依旧滴雨未下，河床干涸土地干裂树木干枯。朝野上下皆言天下有怨上天示警，朝廷令五品以上皆上封事，减膳罢役，派遣多位使节分往多地赈恤灾民、申理冤屈，至六月间有雨下，灾情缓解。
六月丙申，封加元服的皇弟元婴为滕王。
六月中，渝州刺史侯弘仁率州县百姓在沿途州县官吏和百姓的支持下开山辟路打通了从牂柯经西赵过邕州直达交州的道路，从汉末西晋以来荒废数百年的道路重新打通，沿途两万八千户各部族归降朝廷。
这一年秋七月，皇帝召集公卿百官及宗室在九成宫大朝之上达成将二十余万户突厥部族民迁徙出中原的决议并且由政事堂决议以右武侯大将军、化州都督、怀化郡王阿史那思摩为乙弥泥孰俟利苾可汗，赐以可汗依仗并允许其召集旧部，在各州县官吏的协同下带领各州突厥及其附属部落之人沿黄河北上迁徙进入旧地重建东突厥汗国，世代为中国屏蕃，永保边塞安稳。
而此时薛延陀汗国已经完成对突厥旧部的重新汇聚并且占据了原本东突厥的故地，新设立的东突厥可汗只得请求唐廷出面解决争端。政事堂决议派遣司农卿郭嗣本率使团携朝廷诏书及财货在皇帝和宰辅的设想框架下展开谈判，在经过坚难游说和充分协商后双方终于达成共识。
同年，朝廷协助阿史那思摩在河套以北建立汗庭，皇帝携太子及京师百官为阿史那思摩送行。
朝廷派遣兵马和官吏互送各州县突厥民众迁徙出塞与阿史那思摩回合，并在使团和朝廷兵马的有力协助下初步整合了突厥部众。并在皇帝特使礼部尚书李孝恭的全程参与下组建了汗庭，并任命左屯卫将军阿史那忠为左贤王，左武卫将军阿史那泥孰为右贤王，并以宗室女许配阿史那忠。
冬十月甲申，皇帝自九成宫回返京师。
到十月承乾终于卸下监国重任，大病一场，直到十一月中旬才好转。承乾倒不是被宫门前的动乱伤到身体才病倒，而是被突如其来的变乱打乱了阵脚受到惊吓所致。乱局新发生那月旬时光承乾几乎都是在失眠和困顿中度过，到如今精神已是大好。