再次大获全胜的佛教并没有满足，而是继续打压道教。举个例子，在元末史学家陶宗仪的《辍耕录》中记载了这样一件事：有一个不知来历的叫杨琏真加的人，南宋灭亡以后他在江南以佛教总管的身份干起了摸金校尉的工作，而且是挖了宋朝的皇陵，把得来的这些钱财用来发展佛教事业去了，据说他这样做的动机就是为了报复北宋的崇道。也许和尚们对他的行为会点赞，不过他的做法完全可以说是对江南甚至整个汉民族的一种挑战，也是蒙元统治阶级政治上的一次极大的败笔，后世学者分析，这就是外族对汉文化历史缺乏了解的表现。
再看几个简单的数字。据胡其德先生的研究统计，1244年到1304年的六十年间，蒙元政府共举行了48次国家的法事，其中仅有十三次是由全真道士主持的。而在这十三次法事中，有五次是在开平城辩论，就是第二次辩论之前由李志常主持的，有七次是在第三次辩论之前举行的。第三次辩论以后，全真教地位下降，仅有一次是由全真道士主持的法事，而且还是在1291年忽必烈颁布了解禁全真教的诏令以后的事情了。
蒙元时期的三次完败，被和尚们反复摩擦，全真教的地位逐渐排到了藏传佛教和正一教的后面。不过，元政府虽然不再扶植全真教了，但是并不意味着打算取缔或消灭它，仅仅是压制而已，这一点可以从全真教依然在民间有着强大的势力和影响力上可以看得出来。
下面简单归纳一下蒙元时期佛道之争涉及的政治方面的一些问题。
佛道之争中佛教的获胜，有全真教自身的原因，也有统治者的态度原因，特别是藏传佛教的影响力。
自王重阳开始创教，就一直坚持三教合一，这里面有融合，也有平等的意思。正如王重阳所说的，“三教者如鼎三足，身同归一，无二无三”、“似一要树生三枝”。早期的全真教可谓是人才济济，总体上文化层次还比较高，又不乏政治敏感性及大局观不错的成员，不过从第四代以后，随着综合素质的下降，特别是对于王重阳的三教合一的思想不怎么认真体会、领会、和坚持了，自然就不可能处理好与佛教的关系。
这还不算，更重要的是他们看不到全真教背后的潜在危机，不是潜下心来修心养性、研究理论，更多的是参加社会活动，追求祈福斋醮、安逸享乐、争名逐利……甚至对正一教都视而不见。人家可是一个实力丝毫不弱于你的、屹立不倒的、传承千年的老牌门派了，还以为自己的江湖地位稳固得不可取代，只能说后来的全真教从掌教到小道士们都有点膨胀了，也太天真了。
前面刚讲到过，想当年丘处机西行的时候，曾经在阎立本的《太上过关图》上提了首诗。关于这首诗，被历来的聪明人玄化了，声称丘处机借诗预言了以后会有明朝灭元，甚至还预言了满清的灭亡。自丘处机掌管天下道教事务以后，全真教有了爆发式的增长，势力扩张很快，于是就和势均力敌的禅宗成了对头。随着蒙古的势力南下，金国只好南迁，便留下的大量的战后资源成了无主之物，于是全真教开始大量侵占废弃的佛寺，反正我强一分，你就弱一分，多好的机会啊。
《至元辩伪录》《佛祖历代通鉴》说，当时丘处机和李志常带头大肆抢占寺院和田产。寺院抢过来后就改成道观，佛像是泥的、石头的就砸碎了，是铜的就化了铸道教的神像、法器。有时候抢兴奋了，连儒家也抢，比如西京（大同）天成夫子庙也被改成了文城观。就这样，抢占了梵刹四百八十二所，佛祖像、白玉观音像、舍利塔等等全都毁了，并且四处宣扬道教优于佛教的舆论，不但得触动了佛教的利益，连儒教也得罪了，从而为佛儒联手打压全真教埋下了隐患。
等到忽必烈改元，全国统一以后，佛教一方随着势力的增大以及皇帝的支持，逐渐有了和全真教抗衡的能力，于是，那些被全真教占去的房产、地盘自然就想要回来。如果仅是要回来，双方就一笑泯恩仇了，事情自然没这么简单，等到皇帝都皈依我佛以后，对全真教的打压更有力了。