统治者的宗教政策的变化，同样起到了引导佛道之争和导致道教完败的重要因素。蒙元从最初的相对平等的宗教态度，到忽必烈时期的偏袒佛教，谁和皇帝走的近就偏袒谁，放到现在也一样，所以忽必烈受了八思巴灌顶以后，蒙古贵族中皈依佛教的那就更多了，偏袒佛教就是理所应当的了。
所以，这场历经了近三十年的宗教之争，最终以蒙元政府的一边倒的态度划上了句号。
那么蒙元政府到底是出于什么目的引导了这次宗教之争？
中外学者对蒙元时期的历史还是非常感兴趣的，至少在现在看来，那个时期的历史算是跨洲的国际性的。在蒙哥时期，还在坚持执行成吉思汗的宗教平等政策，政府对于宗教还没有出现明显的偏向性。之所以会有宗教之争，原因是蒙古人试图通过这种辩论的形式，看一看究竟哪种宗教更适合于统一帝国各疆域、各民族和各种族的意识形态，更利于把这片广袤的领土早日稳固下来。这一点，也可以从当时首都和林中有十几座不同的宗教寺庙、教堂得到印证。
不过宗教政策的实施，肯定是要随着疆域内的民族成份和领土的变化而改变的。熟悉历史的朋友应该清楚，元以前的蒙古帝国实质上并不是一个真正统一的国家，而是一个联盟，这也是它允许多种宗教并存，而且至少表面上是平等共存的一个重要因素，不过要想找到一个适应当时情况的，放之四海而皆准的宗教又谈何容易。所以，蒙元初期，蒙古人的基本宗教政策的基本原则是，任何一种宗教必须是有助于我的统治而不能威胁到我的统治的才是好宗教，好宗教才允许存在才会得到扶植和发展，就连本族的萨满教也不例外。
虽然还没有证实在1255年前后究竟发生了多少次宗教辩论，不过至少可以推测出，在蒙哥时期，就是第一次佛道之争的前后，1254年至少发生过基督教、伊斯兰教和道教之间的辩论，和佛道辩论一样，它们之间的辩论也是一对一的形式。1256年，又发生过噶玛派老大噶玛拔希和基督教之间的辩论。顺便说一下，当时的蒙古人称基督徒为“也里可温”，道友们看到相关文献时明白就好。
到了忽必烈时代，西北诸王的伊斯兰地区的分裂后，伊斯兰教徒人数锐减，再想得到和其他宗教平等的待遇显然不可能了。为了避免西藏也脱离出去，元政府更加重视和佛教、藏传佛教的优渥就好理解了。对于蒙古人来说，汉地的佛教和藏地的佛教本来就是一样的，哪有心情去区分它们。
当然了，以前成吉思汗对全真教的优渥，那是因为当时它并不强大，而且还对蒙元的统一事业有帮助。如今统一了，全真教的迅速扩张，还占有本土优势，怎么可能不遭人顾忌？好在蒙古人也不好意思派几个万人队，把道士们抓起来全都埋了，而是采用了这种非常温柔的辩论方式来打压道教。
既然你败了，那么对不起，以后得再退让些，所以，从李志常以后，掌教开始由政府任命了。这说明什么，全真教的老大已经和普通官员一样不能你们自己说了算了，你们的老板都得由我任命，如果不听话可以随时换一个。
至于什么化胡经之类的，那都不重要，这也可以从全真教归还庙产勉强说还算顺利，但是废弃烧毁伪经却迟迟没有推进这一事实上看得出一二来。到1281年第三次辩论以后，在佛教的强烈要求下，全真教才把化胡经之类的伪经烧了。佛教和道教的针锋相对，如果背后没有统治者的推手谁相信？
此外，早在窝阔台、贵由时期就已经在为佛教撑腰了，开始是禅宗，以后是藏传佛教。当然这也是出于政治目的，为了统治西藏，所以当时拉拢了萨迦派。到忽必烈时期，上至皇帝，下至大小贵族，皈依佛教的大有人在，道教自然就落到了下风。