姚苌初死，落在姚兴肩上的担子十分沉重。他不仅要对付苻登，还要防范后秦政权内部的各种势力。因此，姚兴没有马上发丧。他害怕后秦分镇安定、阴密（今甘肃灵台县西）的其叔姚绪、姚硕德和戍卫长安的其弟姚崇闻讯会发动叛乱。三人之中，以姚硕德威望最高、兵力最强，对姚兴的威胁最大。但姚硕德深明大义，顾全大局，不愿在苻登未灭的时候，自寻干戈，授首与人。为打消姚兴的顾虑，他很快来到长安表明态度，承认姚兴的领袖地位，从而缓和了后秦国内的紧张气氛。姚兴以诚相待，优礼有加。苻登听到姚苌死去的消息，非常高兴。他调动大军，全力东进，准备一举消灭后秦。苻登先后攻占姚奴、帛蒲二镇，到达始平附近的废桥。始平（今西安市鄠邑区以西）处于渭水之滨，距长安不足百里。后秦咸阳太守刘忌奴又乘乱反叛。形势对姚兴十分不利。
为减少因名号问题而引起的纷扰，姚兴决定暂不称帝。自号为大将军，以辅政大臣尹纬为长史，狄伯支为司马，整顿军队迎击苻登。姚兴临危不乱，从容镇定。首先以奇兵突袭咸阳，将刘忌奴擒获，消除了后顾之忧。然后，亲率大军赶赴废桥，解救始平。
先行到达始平的尹纬，接受始平太守姚详的建议，在废桥与苻登对峙。尹纬命令军队据守要塞，消耗敌人，并切断敌人的水源。苻登的人马缺水，渴死不少，因此频频对废桥发动攻势。尹纬认为摧毁敌人的时机已经成熟，准备全线反攻。姚兴担心苻登的力量太强，急忙进行劝阻。尹纬解释说：“如今的形势很不稳定，如果不鼓足勇气打败敌人，我们就要完了。”
后秦皇初元年（394年）初夏，两军在废桥展开决战。这一战，后秦大获全胜。苻登的军队彻底崩溃，他本人狼狈地逃到平凉（今甘肃省平凉市西），躲进马毛山里去了。
废桥一役是决定姚兴命运的一次重要战事。它为后秦最后消灭苻登、称霸关陇奠定了基础，战争的胜利极大地提高了姚兴的威望，巩固了他的地位。废桥战后，姚兴正式为姚苌发丧，并在始平附近的槐里即位称帝。通过这次战役，姚兴加深了对尹纬的了解，他们之间建立起比较密切的君臣关系。尹氏是天水大族，前秦时期受到苻坚的禁锢，尹纬只当到尚书令史。姚苌对他也不甚重视，而姚兴却很倚重尹纬，先后委任他为辅国将军、司隶校尉、尚书左右仆射等重要职务。
当年七月，姚兴一面命人乞伏乾归堵截救援苻登的军队，一面亲自率军攻打马毛山。在那里，姚兴一鼓作气击溃苻登，把他擒获后杀死。为了根绝隐患，姚兴解散苻登的部众，安排他们重新进行农业生产。姚兴还把三万户民户从阴密迁到长安，以充实由于氐人、鲜卑慕容人外徙而显得人力不足的京畿地区。他将自己直接管辖的大营一分为四，由四军分别统领这些民户。