为澄清吏治，姚兴采取严厉措施打击贪官污吏。对于比较清廉的臣属，他不仅给予物质上的奖励，还下书表彰，越级提拔他们的职务。后秦在长安办有律学，学员都是地方郡县的闲散官吏。经过一段时间的法律学习之后，学有成绩的人被派回原地负责司法。姚兴规定，凡州郡县地方政府不易判定的案例，一律报请中央政府裁决。他本人经常在咨议堂，旁听判决，尽量避免冤狱的发生。
姚兴还曾发布命令，要求各地政府释放因灾荒贫困而自卖为奴的百姓；禁止百姓制造锦绣和过多地进行宗教祭祀；安葬阵亡的将士和抚恤他们的家属等等。此外，他本人以身作则，厉行节俭，从不用金银装饰的车马器物。在姚兴的带动之下，后秦上下崇尚清素，达官贵人也不敢肆意奢侈浪费。这些措施，对于阶级矛盾的缓和和关陇地区经济的恢复与发展，无疑是有益的。
姚兴继承姚苌的政策，大力提倡儒学，兴办学校。当时，许多著名的学者如天水姜龛、东平淳于岐、冯翊郭高等云集长安，讲学授徒，各有弟子门生数百人，远道而来的求学者竟达上万人。洛阳城内的凉州硕儒胡辨，弟子千余人，关中不少青年人慕名前去就学。姚兴特别指示各地关卡，对来往的儒生，一律放行，不许刁难。姚兴素以精通典籍声闻遐迩，政务之暇，经常在内宫召见学者，和他们一起讲论道艺，错综名理。其中一些善于为文的人，被姚兴安排在身边，参管机密，起草诏书。姚兴提倡儒学意在维护统治，但在客观上为保存和发扬汉族传统文化做出了贡献。
姚兴比较注意军纪。史书上讲，他的军队“军令齐整，秋毫无犯，祭先贤，礼儒哲”。由于能够作到“军无私掠”，后秦的军队，最初的名声还是比较好的。
后秦的西邻是一个乞伏鲜卑人建立的国家。它的国号也叫作秦，史称西秦。乞伏鲜卑人原居漠北，西晋时期开始迁徙到陇西。淝水战后，其部落酋长乞伏国仁招集诸部，拥兵自立，有众十余万人，逐渐割据陇西。乞伏国仁曾依附于苻登，受封为苑川王。乞伏国仁死后，其弟乞伏乾归改称河南王，建都金城（今甘肃兰州市西北）。苻登败死后，乞伏乾归击杀仇池王杨定，尽有陇西、巴西之地。后来，乞伏乾归连续战胜后凉和吐谷浑，获取大量的人口和土地。
乞伏乾归本来就是后秦统一关陇、进军河西的障碍。西秦国力日强，特别是弘始二年（400年）乞伏乾归把首都从金城东移至苑川（今甘肃榆中县大营川地区），更使姚兴感到不安。这年五月，姚兴命令姚硕德将兵五万，由南安峡进击西秦。乞伏乾归亲自从苑川赶到前线，两军在陇西城（今甘肃陇西南）下形成对峙。由于深入敌境，人地生疏，樵道又被切断，后秦军队逐渐陷入困境。姚兴得到报告，立即封锁消息，远程跋涉，亲自增援姚硕德。