与此同时，受命于司马颖回到左国城今山西离石募兵的匈奴部族首领刘渊，也派了五千匈奴精锐骑兵前来支援司马颖，在晋室权力斗争的夹缝里，刘渊无意间开启了胡人进取中原的第一步，这也为其后来成为第一个称帝的胡人埋下了伏笔。只是由于战乱连连，朝纲沦丧，关东起兵者比比皆是，司马颖很快便被迫逃离邺城，却又被控制洛阳的司马颙部将裹挟入关中，以避来自北方的司马腾势力之敌锋。司马颖至此失势沦为傀儡，其皇太弟的身份随之被废黜。但是司马颖经营河北数年，多行仁政，河北之民多思其善，所以司马颖在此地的号召力依然很强。
司马颖被掳至长安后，公元305年，其故将阳平人公师籓为迎回失势被囚的司马颖，遂以复立司马颖之名聚兵数万，于清河起兵，攻城占地，最终兵锋直指河北重镇邺城。只是公师籓势单力薄，在多方势力的绞杀下，最终被击垮，部众逃散。之前败于司马颖的东海王司马越趁机联合关东诸势力，以盟主身份自居，打着迎帝回都的名义传檄天下，欲举兵向西攻据守关中的司马颙，司马颙不能敌，见河北之地有人支持司马颖，便给其兵千人前去河北聚拢部众，以为助力。
司马颖一路颠沛流离，东躲西藏，准备投奔故将公师籓，结果却于距离邺城不过百里处的顿丘今河南濮阳清丰县为顿丘太守冯嵩所擒，被送至邺城，当时驻守邺城的为范阳王司马虓。司马虓不忍心伤害司马颖父子，于是将其囚禁。但不幸的是司马虓突然暴毙，也因此再无庇护司马颖之人，司马虓身边的重臣长史刘舆畏惧司马颖在邺城的声望，遂隐瞒司马虓之死，选择秘不发丧。同时找人假扮皇帝派来的台史，以晋惠帝之名矫诏赐死司马颖，司马颖于是被奉命看守他们的田徽缢死，此时的司马颖时年不过才二十八岁，这一年为晋惠帝光熙元年即公元306年。
司马颖一死，其部将从属群龙无首，纷纷逃散，惟独卢志随从不怠，始终守护在司马颖的灵柩之前。后追随公师籓的汲桑击败东赢公司马腾，以为司马颖复仇之名斩杀了司马腾，并亲起司马颖之棺木，携棺随军，每有事必面棺而请奏司马颖，借此以行军令。后汲桑为司马腾旧部所败，司马颖棺木被投之于一枯井之中。司马颖旧臣不忍其尸骨流离，于是遍寻故地得其尸骨改葬于洛阳。
司马颖虽死，但其所留之政治遗产却几乎影响了整个十六国的历史走向，因为占据十六国历史主导地位的政权无一不是出自司马颖一系。率先称帝的匈奴人刘渊曾被司马颖任命为代理辅国将军，负责当时邺城的北城防守诸事务。司马颖故将公师籓下属的汲桑副将即为后赵开国君主石勒。而前秦开国君主蒲洪，则曾归属刘渊建立的汉赵政权。被尊为北魏高祖皇帝的拓跋什翼犍则曾在后赵为质子十年，其孙拓跋珪则受前秦苻坚之恩施得以在代国被灭后，回到自己的家乡部族旧地休养生息。
自晋乱天下崩裂至北魏统一北方，一百多年间曾经追随司马颖的人，由最初受其庇护到起兵为其复仇，最后各自独立成为一方之主，不管其各自目的如何，都在阴差阳错之中成为了当年司马颖势力的延续。而我们的故事也就开始自与司马颖关系最为密切之人，曾被晋武帝司马炎盛赞“虽由余、日磾无以加也”的匈奴王子刘渊。